蛋白质结构从头预测方法研究进展.pdfVIP

第 9卷 第 1期 生 物 信 息 学 Vol_9No．1 2011年 3月 ChinaJournalofBioinformatics Mar．，2011 doi：10．3969／j．issn．1672—5565．2011．01．001 蛋 白质结构从头预测方法研究进展 周建红 ，艾观华 ，方慧生 ，陈凯先 (1．中国药科大学 生命科学与技术学院，南京 210009；2．中国科学院上海药物研究所 药物发现与设计中心，上海201203) 摘 要：蛋 白质结构从头预测是不依赖模板仅从氨基酸序列信息得到天然结构。它的关键是正确定义能量函数、精确选用计 算机搜索算法来寻找能量最低值。基于此，本文系统介绍了能量函数和构象搜索策略，并列举 了几种 比较成功的从头预测方 法，通过比较得出结论：基于统计学知识的能量函数是近年来从头预测发展的主要方 向，现有从头预测的构象搜索都用到 MonteCarlo法 。这表 明随着蛋 白质结构预测研究的深入 ，能量函数 的构建、构象搜索方法 的选择、大分子蛋 白质结构的从头 预测等关键性 问题都取得 了突破性进展 。 关键词 ：从头预测 ；能量函数 ；构象搜索：Rosetta 中图分类号：Q518．2 文献标识码 ：A 文章编号 ：1672～5565(2011)一O1—001—05 Progressin ab initioprotein structureprediction ZHOU Jian—hong‘AIGuan—hua ，FANG Hui—sheng ，CHEN Kaixian ， (1．School 、L ScienceandTechnology，ChinaPharmaceuticalUniversity，Nanjing210009，China； 2．DrugDiscoveryandDesignCenter，ShanghaiInstitueo厂MateriaMedica，ChineseAcademicScience，Shanghai201203，China) Abstract：Abinitioprotein structureprediction isnotdependenton thetemplate ，only from theaminoacid se- quenceinformation．Thekeytothiskindofprotein predictionistheproperdefinitionofenergyfunction accurate ， selectionofacomputersearchalgorithm tofindthelowestenergyvalue．Basedonthis，thispaperdescribesenergy functionsandconformationalsearch strategies，andlistsseveralsuccessfulab initiopredictionmethods，Wecon— cludethatthemajordirectionofabinitiopredictioninrecentyearsisthestatisticalknowledge——basedenergyfunc． tion，theexistingconformationalsearchofabinitiopredictionmethodsalluseMonteCarlomethod．Thisshowsthat with thestudyofproteinstructureprediction，thecriticalissuessuchasthebuildingofeneryg function thecho