细菌种特异性的16SrDNA寡核苷酸探针数据库的初步构建3.pdfVIP

( ) 首都师范大学学报 自然科学版 第 25 卷 　专集 Journal of Capital Normal University Vol. 25 2004 年 12 月 (Natural Science Edition) Dec. 　2004 细菌种特异性的 16S rDNA 寡核苷酸探针数据库 的初步构建 1 1 2 蔡正求 　宋 　未 　东秀珠 ( 1 首都师范大学生物系 ,北京　100037 ;2 中国科学院微生物研究所,北京　100080) 摘 要 　　核酸二级数据库是生物信息学研究的重要领域 ,对生命科学的研究和发展起重要作用. 目前, 国际核酸序列公 共数据库中存在大量的细菌 16S rDNA 序列 ,本文利用这些已知细菌的 16S rDNA 序列 ,设计了细菌种特异性的寡核 苷酸探针 ,将其结果存入二级数据库 , 以计算机网络为载体,开发了界面友好的通过 WWW 浏览器实现对数据库查 询的系统 ,其查询结果形象直观 ,为设计细菌的种特异性寡核苷酸探针提供了参考和帮助 ,从而可加速对细菌分类 及鉴定的进程. 关键词 :细菌 , 种特异性 , 16S rDNA , 寡核苷酸探针 , 二级数据库. 中图分类号:Q 52 ; TP 311132 　　生物信息学是近年来生命科学与计算机科学、 术 ,归纳、提炼、整理、加工和构建具有特殊生物学意 信息学及应用数学交叉融合而衍生出的新兴边缘学 义和专门用途的二级数据库对于生物学研究意义更 科. 随着人类基因组计划等大型国际项目的实施 ,生 大. 物信息学的研究开发和应用已经成为当前一个前沿 rDNA 分子在生物体中普遍存在 , 生物细胞 领域和研究热点. DNA 序列测定技术的完善和应 rDNA 分子的一级结构中既具有保守的片段 ,又具有 用 ,使核酸序列数据库迅速增长. 国际上著名的三大 变化的碱基序列[2 ] . 保守的片段反应了生物物种间 ( ) 的亲缘关系 ,而高变片段则能表明物种间的差异 ,那 核酸序列数据库 EMBL GenBank 和 DDBJ 的数据量 以指数曲线增长,并为其他生物学数据库的建立提 些保守的或高变的特征性核苷酸序列则是不同分类 ( ) 供了丰富完善的资源. 但这些数据库提供的仅仅是 级别生物 如科、属、种 鉴定的分子基础. 因此可根 未加工的原始数据 ,我们称之为一级数据库. 这些一 据 rDNA 序列设计用于某一种、属、科甚至更大类群 级数据库中存在大量的冗余信息 ,用于解决特殊生 范围的微生物的检测或鉴定的探针[3 ] . 近几年来 , 以 物学问题的信息难以提取. 二级数据库是根据研究 16S rDNA 为靶分子的 PCR 引物或杂交探针已用于 任务的需要 ,