真核生物顺式调控模块的识别.pdf

黄德双，张学工，田捷，刘湘军主编 真核生物顺式调控模块的识别 刘蓉 北京大学生命学院生物信息中心，100871，北京 丛坠!@盟堑!：￡坠i：乜k婪：曼鱼丛：￡廷 摘要：对真核生物顺式调控模块的识别是后基因组时代的巨大挑战，目前主要使用转录因子结合位点的组合，遗传印记 (phylogenetic 种资源，结合实验数据，包括大规模基因表达谱数据，染色体免疫共沉淀数据，考虑染色体结构等效应是识别真核生物顺式 调控模块的有效方法。 关键词：顺式调控模块，组合调控，转录因子结合位点，遗传印记 the modulesisa ofthe eraof of eukaryotic Abstract：Predictingcis—regulatory majorchMlengepost-genomic factor andacombinationofthesetWOmethodsale used．Inthis transcfiptionbindingsites，phylogeneticfootprinting mainly review, that wedescribedthe and ofthesemethodsandconcludedanew of would advantagesdisadvantages generationalgorithms improve as data chromatin variousresources，suchthe of and bycombining geneexpression immunopreciptationmicroarrays， performance and theeffectsofthe andS／MARs． considering chromatin，insulator modules，Combinatorial factor Keywords：Cis—regulatory control，Transcriptionbindingsite，Phylogeneficfootprinting 1．引言 在这篇综述里，我们将描述真核生物顺式调控模块的识别问题。第1节简介真核生物基本转录过程， 顺式调控模块在转录调控中的作用及真核生物顺式调控模块的特征和性质，顺式调控模块计算机识别的重 要意义。第2节简介转录因子结合位点的表示和单个转录因子结合位点的识别方法；第3节概述顺式调控 模块的计算机识别方法，存在的问题和困难，着重强调基本概念和方法的理论部分，感兴趣的读者可以查 阅参考文献以了解特定的程序和更多的技术细节。第4节简单地介绍与顺式调控模块相关的部分数据库。 最后给出结论和该问题的未来发展方向。 基因表达调控网络的研究是后基因组时代的巨大挑战。基因表达调控表现在不同层次，包括转录水平、 环节，它的起始及发生频率是基因表达调控环节中最基本的。转录使用DNA作为模板，通过RNA聚合酶合 真核生物中，一共有三种RNA聚合酶参与转录，分别转录三种不同集合的基因。转录共包括三个过程：识 别与起始、延伸和终止。 在转录过程中，都涉及到转录因子和基因组上特定序列的特异性结合。这些特异性基因组序列是转录 factor 因子的结合位点(transcriptionbinding