金针菇菌丝与原基差异表达基因分析.pdfVIP

食用菌学报@2014．21(1)：1～7 文章编号：1005—9873(2014)01—0001—07 金针菇茵丝与原基差异表达基因分析 刘 芳 ，王 威 ，谢宝贵 (福建农林大学菌物研究中心，福建福州 350002) 摘 要：以金针菇(Flammulinavelutipes)1123菌株的单孢 W23基因组为参考完成其菌丝和原基转录组测序 与数据分析 ，研究两样本间差异基因，并对差异基因进行 GO功能和 KEGGPathway显著性富集分析 。结果 表明：两个样本中共有显著性差异表达 的基 因 3310个 ，其 中在原基 中上调、下调的基 因数分别为 1686、1624 个 ，只在原基中表达的基因有 26个 。GO功能分析结果表明，在原基 中膜封 闭腔、内膜系统、细胞器腔、核糖核 蛋 白复合体、翻译调节器、发育过程 、免疫系统过程 、多细胞生物过程这 8个 GO基本单元 中的差异基 因全部呈 现上调表达 。Pathway功能富集分析结果表明，核糖体与 DNA复制中的差异基 因全部呈现上调表达 ，糖酵解 途径中从 D一葡萄糖转化成丙酮酸过程相关的 l1个差异基因全部呈下调表达 ，磷酸戊糖途径 中相关的 13个差 异基因中有 11个基 因呈 下调表达。 关键词 ：原基 ；差异基 因表达 ；OO功能；Pathway分析 近年来食用菌生长发育机理研究进展迅速 ， 通常研究食用菌不 同发育阶段 的基 因表达 目前研究发现温度 、光照、C0浓度以及湿度等环 差异的方法是通过 mRNA 差异显示技 术，需要 境 因子等对食用菌子实体分化发育都存在不 同 经过采样、RNA 提取 、反转录 、差异显示 PCR、片 的影响；外源添加物 、有益微生物 与食用菌子实 段 回收、重扩增 、克隆与鉴定 、序列 比对分析等 。 体分化的关系也十分密切_1]。近年来 ，随着生物 如季哲等用 mRNA 差异显示找 到 T11GB0322 技术的发展 ，对食用菌发育分化的研究主要集 中 基 因片段是黄伞在生殖生长阶段差异表达的基 在发育相关酶学、发育基因以及蛋 白质组学等方 因片段 |5]。该技术对实验条件要求高 ，但一次实 面_1]，如 oHGA s等提取 RNA检测漆酶基 因 验找到的差异基因并不多 。 (1ccl和 lcc2)转录物，发现其在菌丝定殖期最高 目前 ，转录组学 (Transcriptomics)已成为研 而在子实体发育期锐减 ，说明漆酶与子实体分化发 究细胞表型和功能的一个重要手段 ，已应用于食 育相关I2]；YAMADA等通过定向差异显示和重组 用菌的研究 中。刘朋 虎等对草菇 的转 录组分析 技术证明编码几丁质脱乙酰酶及其基因fv．Ida对 表 明，在菌丝形成原基 的过程 中葡萄糖 、己糖和 金针菇子实体发育过程起着重要作用L3；陈美元通 乙醇等代谢途径大部分基 因下调表达 ，并找到在 过 2．DE技术获得了双孢蘑菇 (Agaricusbisporus) 原基期特异表达 的 321个基 因 ]。通过转录组 子实体发育初期表达量有显著变化 的 14个蛋白 学不仅可以在实验样品内纵向比较 ，也可通过公 质 ，其可能与子实体形成及发育密切相关_4J。目 共数据横 向比对 ，从而找到更多差异基 因的数 前 ，已有大量的食用菌基因序列和蛋 白数据登录 据 ，目前 国内 尚未报 道金 针 菇 (Flammulina NCBI等公共数据库中，如裂褶菌 (Schizophyllum velutipes)有关原基形成的转录组方面的研究 ，笔 commune)、黄 孢 原 毛 平 革 菌 (Phanerochaete 者对金针菇双核菌丝和子实体原基间差异表达 chrysosporium)和灰盖鬼伞 (Coprinuscinereus)等 的基因进行分析，以期发现与形成原基相关 的基 都有大量的基因序列