HIV-1病毒DNA与整合酶结合后的构象变化.pdf

理化学学报(Wuli Huaxue Xuebao) October A cta Phys. Chim. Sin., 2008, 24(10) ：1803-1810 1803 [Article] HIV 1 病毒DNA 与整合酶结合后的构象变化 建平1,2 柯国涛1 常 珊1 陈慰祖1 王存新1, 1 2 ( 北京工业大学生命科学与生物工程学院, 北京 100022; 乐山师范学院化学与生命科学系, 四川乐山 614004) 摘要： 用分子动力学(MD)模拟方法优化了HIV 1 病毒DNA 与整合酶(IN)二聚体(IN )复合 模型结构, 并分 2 析了HIV 1 病毒DNA 结合IN2 后的构象变化. 结果表明, 按照HIV 1 病毒DNA 与IN2 结合能力的强度, 病毒 DNA 可分为五个区域: 非结合区、强结合区 1、弱结合区、强结合区2 和反应区, 并用结合自由能计算验证了该 分区的合理性. 与未结合IN2 的病毒DNA 相比, 复合 模型中病毒DNA 除了非结合区 基外, 其它四个区域的 基构象变化较大. 复合物模型中病毒DNA 主链较大程度地偏离标准B 型DNA 以及结合部位的小沟变宽都 是识别IN的结构基础. 模拟结果与实验数据吻合较好, 为基于HIV 1 IN 的药物分子设计提供了一定的结构信息. 关键词： 病毒DNA; 整合酶; 分子动力学模拟; 自由能计算; 构象变化 中图分类号： O641 Conformational Change of HIV 1 Viral DNA after Binding with Integrase HU Jian Ping1,2 KE Guo Tao1 CHANG Shan1 CHEN Wei Zu1 WANG Cun Xin1, 1 ( College of Life Science and Bioengineering, Beiji ng University of Technology, Beijing 100022, P. R. China; 2Depa rtment of Chemistry and Life Science, Leshan Normal University, Leshan 614004, Sichuan Province, P. R. China) Abstract ： The complex model structure of human immunodeficiency virus 1 (HIV 1) DNA with integrase (IN) dimer (IN ) was refined through molecu