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用贝叶斯网络对蛋白质LOOP结构建模的研究 摘要 用贝叶斯网络对蛋白质LOOP结构建模的研究 摘 要 根据蛋白质的氨基酸序列预测蛋白质的结构是计算生物学中尚未解决的重要问 题之一，而该问题的一个难点是蛋白质中Loop片段的结构。Loop在蛋白质的特征和 功能中起着关键作用，但是用实验方法确定Loop结构，因其活性相对较大而变得异 常困难。因此，尽可能精确地对Loop的结构进行计算建模，对于了解蛋白质整体结 构来说是非常重要的。 本文用生成式概率模型贝叶斯网络为蛋白质Loop建模，用连续型二元Von 对的原因变量。为了验证蛋白质Loop结构上连续建模的可行性和有效性，采用了 二元Von 的Loop段的训练集上学习，并采样得到连续的二面角对。在CASP8中自由建模蛋白 质的Loop结构上的实验也显示出LoopMM采样得N-面角对比其他方法更接近天然 态的Loop--面角对。 将LoopMM中固定的网络结构释放，从训练集中进一步学习出新的贝叶斯网络 结构，即允许远距离多个氨基酸残基或二级结构联合决定某个残基的二面角节点， 新学习到的贝叶斯网络LoopBN模型不仅能采样到更接近Loop天然结构的二面角对， 而且在从头预测这些蛋白质整体结构时能提高准确度。 用贝叶斯网络来预测蛋白质Loop结构，一方面为提高结构预测的精度提供了新 的计算模型，另一方面还能描述蛋白质Loop结构中一些潜在的因果关系：Loop结构 中不同残基的氨基酸和二级结构信息对二面角取值的因果关系可以由贝叶斯网络结 构图上的边直接展现出来，为计算作为手段来解决生物等目标问题提供了易理解， 易解释的科学发现。 关键词： 蛋白质Loop建模；贝叶斯网络结构学习；双变量vonMises分布 作 者：杨鹏 指导教师：吕强 ABSTRACT on ProteinStructure Network StudyModellingLoop byBayesian on ProteinStructure StudyModellingLoop Network byBayesian Abstract isahardunsolved of Modelingproteinloops problemcomputationalbiology,but is for characteristicsandfunctionsof obtainthe importantunderstanding protein．To 3Dstructureofthe with methodsis of proteinloopsexperimental because challenging modelthe asaccurateas loops’highflexibility．Hence，toloops’structure possibleby iscriticalfor the structure． computing determiningcompleteprotein a