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ABEEMom模型在多肽和核酸碱基对中的应用 ABEEMo兀模型在研究多肽和核酸碱基对中的应用 研究生：张秋菊 指导教师：杨忠志教授 学科专业：有机化学 中文摘要 在密度泛函理论和电负性均衡方法基础上建立的原子一键电负性均衡方法中的％模型 明确地考虑了双键中的n键部分，在计算和解释大分子体系的结构和性质的关系方面 取得了令人满意的结果。本文即在前人的基础上进一步应用该模型计算生物分子多肽 和核酸中碱基对的电荷分布、氢键能、罄体软度等物理量。并利用通过该模型计算得 到的整体软度值解释了生物活性肽催产素及其衍生物的生物活性关系。同时，对比了 荷分布的相关性，得到了很好的结论。而且，还利用该模型得到的电荷分布计算了多 肽分子的十三员环的分子内氢键能和核酸分子碱基对的分子间氢键能，都得到了与实 验值和理论值符合很好的结果。从而为反应设计提供一定的理论依据。 关键词： 原子一键电负性均衡方法整体软度 电荷分布氢键能 1．引 言 1．1密度泛函理论 电子波函数作为描述体系性质的基本物理量。以密度泛函理论为基础而发展起来的计算体 系能量和各种性质的方法，由于用三维的单电子密度代表了3N维的电子波函数，用求解 一l一 ABEEMow模型在多肽和核酸碱基对中的应用 比例。比通常量子化学的从头计算工作量大为减少。 (statistical 了均匀电子气模型，假定三维势箱中电子分布是均匀的，该模型中动能表述为： Ff,o％(Odr rT,b]：C ．c，=未b2严观s·， local LDA)思想，考虑对均匀的电 密度泛函中最重要思想一局域密度近似(me approximation 子体系比较适合的局域关系，电子性质作为电子密度的泛函即可确定下来。 如果进一步忽略交换和相关项，只考虑经典的核与电子之间的静电吸引能和电子．电子 之问的排斥能，‘即可得到～个只依赖于电子密度的原子体系能量表达式： 咏必仔)】略∥一z睁畦骨幔 ㈧·， 理： 占扛，b仁)】一∥，【p仁)办一枷：o 让能量泛函取得极小，从而将得出的电子密度代入(1．1)式即可确定体系的总能量。 andKohn 1964)通过严密的证明证实， 切性质，Honhenberg·Kohn第一定理(Honhenberg 垒!!!竺竺堡型垄至堕塑望墼壁垩翌!堕壁旦 从而求出体系的基态能量。 著名的Kohn．Sham方程： hxsq)，=s，谚 k：一；vz+％ 吲加嘣咖f簖¨心) 数为基础的，求解的是通常的定态Schr6dinger方程。 1．2电负性均衡原理 1．2．1电负性 力”。并且从热化学数据给出元素的电负性标度。电负性这个概念广为化学界接受和使用。 人们逐渐认识到原子和分子的许多物理化学性质与电负性之间存在着明显的关联，并且又 从不同角度出发，’提出了许多的电负性标度“。61。 途径来计算基团电负性。 ABEEM研模型在多肚和核酸碱基对中的应用 化学势∥的负值，从而给出了电负性精确的定义和物理解释。这里∥是能量泛函Ebp)】：对 电荷的变化率这两个概念提供了理论上的支持。随着电负性均衡原理在密度泛函理论基础 上获得了精确的数学表达式， Morti 建立并实现了直接计算分子中原子电荷分布的新方法，即基于分子中原子的电负性均衡方 法(EEM)。 1．22 Sandersorl的电负性均衡原理 在两个或多个不同原子(或其他组合基团)结合在一起形成分