母猪初情期全基组关联分析和位置候选基因研究.pdfVIP

摘要 母猪初情期全基因组关联分析和位置候选基因研究 摘 要 养猪生产中，繁殖性能直接影响母猪的生产效率。母猪初情期是指正常青年母猪 到达第一次发情并排卵时的月龄。母猪初情期的遗传力为O．32，属于中等遗传力性状。 由于初情期和发情周期的鉴定工作十分费力，因此在育种中通过表型选择改良母猪初 情期难度较大，如果能鉴别到影响母猪初情期的主效基因或与之紧密连锁的分子标 记，采用标记辅助选择来改良母猪将行之有效。 近年来，随着猪全基因组测序的完成，大量源于测序及再测序SNP的发现，尤 Bead PorcineSNP60K 其是猪60KSNP芯片(Illumina Chip)的上市，使得猪全基因 组关联研究(GwAS)成为可能。本研究以白色杜洛克×二花脸资源群体F2代母猪为 SNP芯片对 研究对象，在母猪初情期QTL初步定位的基础上，利用Illumina猪60K 过增加标记密度对初步定位的QTL进行精细定位，在此基础上分析L1N28B和 TMEM38B两个位置候选基因与母猪初情期的关联性。 单标记全基因组关联分析结果显示，与初情期显著关联的100个SNP中有74个 P 位于7号染色体(SSC7)，其中关联性最强的SNP(correctedvalue=7．54x10‘4)位 于SSC7的33．07 Pvalue=7．38x 体上(SSCl)，其中关联性最强的SNP(corrected10刁)位于SSCl 量与初情期显著关联的SNP。 基于60K SNP基因型数据的连锁和连锁不平衡分析结果显示，在SSCl、SSC2、 倍型与初情期关联性最强。 x二花脸资源群体Fo、Fl和454头有初情期表型记录的F2代母猪中的基因型。标准关 AT、Exon2GA 联分析结果显示，LIN28B基因的2个SNP位点Exonl g．243 g．771 摘要 和TMEM38B的SNP位点ExonlGA均与初情期呈显著相关妒0．05)。但标记 g．488 辅助关联分析和F-drop检验显示以Ⅳ2昭和m纪脚船基因与母猪初情期均未达到显 著相关，提示这两个基因仅仅是与SSCl初情期QTL主效基因紧密连锁的标记。本 研究验证了初情期QTL定位结果，为进一步分离母猪初情期因果基因和主效突变位 点奠定基础。 关键词：母猪初情期；全基因组关联分析；候选基因；F2代资源家系。 II ABSTRACT Genome-wideAssociationandPositionalCandidateGene Study on atPu of AnalysisAge bertygilts ABSTRACT influencethe in ofSOWSthe Reproductivedirectly productionefficiency industry．Age at isdefined舔thetimethat showoestruswim