海洋病原菌监测因芯片的研制及功能验证.pdfVIP

摘要 中文摘要 目前，寡核昔酸微阵列应用于多种微生物的检测，将多种特异性的寡核苷 酸探针固定在完成包被的玻片上，将样本进行DNA扩增，并与该玻片杂交，该 检测方法能检测出多种病原体，并且检测结果具有很高灵敏度和特异性，能进 行高通量的检测。 微阵列检测的特异性主要依赖于基因靶序列的选取及微阵列探针的设计。 大部分微阵列使用16SrRNAs作为靶序列用于区分不同的微生物。但是一些关 系较近的细菌中，16SrRNAs序列相似度较高，因此使用16SrRNAs不易对这些 菌进行区分。 定位在大多数rRNA操纵子16S．23SrRNA基因间的ITS(转录间隔序列)， 比毗连的16SrRNA，23Sr RNA基因在长度和序列上更具多样性，甚至同一菌种 的ITS或同一菌株的不同操纵子的ITS也存在变异。一般而言，这一区域由一系 列保守的DNA片段和高变异的DNA片段组成，其中，保守片段在某特定种的所 有株中都能找到，但在属或科水平却很少存在这样的片段；高变异片段的变异 形式有插入，缺失，序列高变异等形式。该保守区域可用于在种水平进行精确 的鉴定。由于ITS两侧分别是16SrRNA和23SrRNA保守基因，因此，ITS的PCR 扩增可使用位于保守区的通用引物，更加简单方便扩增到靶DNA序列。 本研究使用DNA微阵列检测技术，针对多种致病菌的16S．23SrRNA基因 转录间区序列(ITS)，设计特异基因探针，并整合成一个检测这些病原菌的探 针微阵列固定于玻璃基质上，用于检测霍乱弧菌(Vibriocholerae)、创伤弧菌 (VibrioⅧ觑历伽)、副溶血弧菌(Hbrio (Enterococcus aureus)、铜绿假单胞 faecalis)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus 菌(Pseudomonas aeruginosa)、单核增生性李斯特茵(Listeriamonocytogenes)、产气 spp．)。 本研究方法使用过滤富集海水中菌体，因此不需培养增菌，能够检出不能 人工培养的苛性菌，提高了检测的可靠性。 结果表明这一DNA微阵列检测方法能够方便快速地给出丰富的指标茵污染 信息，适合于海水致病菌污染检测。 关键词：转录间隔序列；核糖体RNA操纵子；DNA微阵列；检测 Abstract Abstract At havebeen todetectvariousmicrobes． present,DNAmicroarraysemployed between DNAand sample species-specific Hybridizationamplified probes immobilizedon slidecreates detection glass high—throughputofmultiplepathogens and sensitivelyspecificly． 、 Selectionof andthe of all genetargets designmieroarrayprobesplaysimportant roleinthe of detection．Mostof detections specificitymicroarray microarrayapplyied 1 different 6SrRNAsas to