《基于454测序的油茶DNA序列微卫星观察与分析 Survey and Analysis of Microsatellites from DNA Sequences in Camellia Species Using 454 Pyrosequencing》.pdfVIP

第49卷第8期 林 业 科 学 V01．49．No．8 201 SCIENTIASILVAESINICAE Ol3 3年8月 Aug．，2 doi：10．11707／j．1001-7488 温 强1’2 徐林初2 江香梅2 李 江2 顾胤聪1 徐立安1 黄敏仁1 (1．南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037；2．江西省林业科学院南昌330032) 摘 要： 采用MISA软件挖掘比较各l／4个454高通量测序反应获得的普通油茶、浙江红山茶和短柱茶EsT序 列及普通油茶基因组序列中的微卫星信息。结果显示：3个种的EsT序列微卫星出现频率大小相近，普通油茶 EsT序列的微卫星出现频率高于其基因组序列的；在所有被检索序列的二至六碱基微卫星中，均以二碱基微卫星 组序列中则以(AAT)。最多；除六碱基微卫星外，二至五碱基微卫星均表现为不同微卫星重复单元的丰度随着微卫 星碱基长度增加而减少。在转录组序列中，除六碱基微卫星之外，不同微卫星单元重复数的变异与重复单元长度 呈负相关，推测二碱基微卫星理论多态性最高，而五碱基微卫星理论多态性最低；对在无冗余独立基因各区域中的 数量比例最大，cDs区域内三碱基微卫星的比例最高，此外5’uTR区域的三碱基微卫星的分布比例均高于3’uTR， 初步推断5’uTR区域的微卫星相对3’uTR要保守些。 关键词： 山茶属；454高通量测序；微卫星 中图分类号：S718．46 文献标识码：A 文章编号：100l一7488(2叭3)08一0043—08 and ofMicrosateUitesfromDNA in SurveyAnalysis Sequences 454 IekmPZZ妇SpeciesUsingPyrosequencing wen xuLinchu2 Li Gu XuLi’anl Minrenl xiangmei2Jian92 Yincon91 Huang Qian91’2 Jiang (1．研如60m￡oryo，n船t＆ne‘如口nd曰】[0把c^nology0，Min括町o，Ed“c口渤nⅣⅡ彬ngFore5町踟f钟rs蚵№彬增210037； 2．mn肜iFore5tryA∞如myⅣnn以口增330032) 454 DNA inthree Abstract： sequences Abstract：Byusingpyrosequencing，thesimplesequencerepeats(SSRs)from C． andC． with of2to6 6re秽括秒Zn c^e肮ⅡngoZeos口，weretappedrepeats bpby C口，neZZiⅡspecies，includingoZe咖rcl，C． ESTof of motifsin