《Crystal Structure of 1-Methyl-5-phenylhydantoin》.pdfVIP

卷 期 结 构 化 学 （ ） ， 19 4 J IEGOU HUAXUE Vol . 19 No. 4 2000 . 7 . Chinese J . Struct . Chem . July 2000 !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 计算机化学模拟 — 分子构象识别的新方法! 王瑾玲 孙 命 缪方明 （天津师范大学晶体化学研究所，天津， ） 300074 简介了几种利用计算机图形技术研究化合物分子构象的新方法。重点介绍了分 子力学计算方法中的系统搜索、随机搜索方法和分子动力学计算方法中的模拟淬火、 模拟退火等新技术，为药物分子设计中受体与配体分子构象的识别提供了合理可行 的方法。 关键词：计算机化学模拟，分子力学，分子动力学，构象识别，合理药物分子设计 计算机模拟是一种计算机实验，它是从原子水平上的相互作用出发，借助计算机数值模拟 的方法得到分子（特别是生物分子）的结构、动力学、热力学方面的信息，以研究这些信息与生 物功能之间的关系。通过计算机模拟可以探测实验难以推测到的性质，解释实验结果以及预 测结构变化引起的新性质。八十年代以来，随着分子生物学和计算机技术的迅速发展，借助计 算机强大的图形功能，可以直观地在三维空间中观测药物分子的结构特征，对药物与受体间的 〔〕 作用进行模拟，以实现全新药物分子设计 1 。 分子构象（ ）是在没有化学键变化的条件下发生的分子形态变化，即由于单键 conformation 旋转而形成的原子空间排列状态。在实际体系中，化合物分子以无数个构象体（ ）存 conformers 在，并处于快速平衡状态。当单键旋转时由于扭转张力（ ）、角张力（ ）、 torsion strain angle strain 立体张力（ ）的限定而形成势能不同的构象状态，此外未结合基团间的氢键、偶极、 steric strain 共轭等作用也对构象状态产生影响。不同结构的化合物分子具有不等的构象自由度，低构象 自由度的分子为刚性分子（ ），高构象自由度的分子为柔性分子（ ），构象异构体之 rigid flexible 〔〕 - 1 2 间一般能量相差很小，约为 · 左右 。室温下构象体可迅速互相转换，常态下不 4 - 42KJ mol 能分离为单一化合物，而是以一定比例成动态平衡，这种平衡体系异构体的组成决定于温度和 能量差异。能量较低且在平衡体系中比例较高的构象称为优势构象（ ）； referred conformation