霍夫变换在PCR-反向点杂交检测结果自动化判读中的应用.pdfVIP

生 物 医 学 工 程 究 20l5 ， JournalofBiomedicalEn#neefingResearch。 ’34{3)：。l…58～l…63 l 霍夫变换在 PCR一反向点杂交检测 结果 自动化判读 中的应用 王目4，李岭△ (1．东北大学中荷生物医学与信息工程学院，沈阳l10819； 2．四川大学生命科学学院遗传医学研究所，生物治疗国家重点实验室，成都610041) 摘要：探讨霍夫变换(Houghtransform)在聚合酶链反应 一反 向点杂交 (polymerasechainreaction—re— versedotblotting。PCR—RDB)检测基因突变结果的自动化判读 中的应用。以凯普 HMM一2I医用核酸分子 快速杂交仪检测基因突变为例，建立一种通过霍夫变换进行图像识别的方法，以快速判读 PCR—RDB的检 测结果，并提出一套基于移动终端的检测结果后处理方案。利用开发的软件，对 113份地中海贫血常见突变 以及 86份人乳头瘤病毒分型的PCR—RDB检测结果进行了自动读取，并同人工判读结果进行了比较，二者 的符合率均达 10O％。将霍夫变换应用于PCR—RDB检测图像的自动化判读符合实际需求，无需人工干预， 可以降低肉眼判读的错误率并提高工作效率。 关键词：聚合酶链反应 一反向点杂交；霍夫变换；二值化 图像 ；中值滤波；基因突变筛查；无线移动终端 中图分类号：R318 文献标识码 ：A 文章编号：1672-6278 【2015)03-0158-06 Application ofHough Transform fortheProcessing ofDataofrPCR —reverseDotBlotting W ANG Gang ，LILing (1．Sino—DutchBiomedicalandInformationEngineeringSchool，NortheasternUniversity，Shenyang110819，China； 2．StateKeyLaboratoryforBiotherapy，InstituteofGeneticMedicine，SchoolofrifeScience，ScihuanUniversity，Chengdu610041，Chiruz) Abstract：ToexploretheapplicationofHoughtransform forautomatedinterpretationoftheresultsofpolymerasechainreaction— reversedotblotting(PCR—RDB)forthedetectionofgeneticmutations．TheHybribioHMM一2IRapidHybridizerforthedetectionof DNAmutationswasusedasanexample．A methodwasestablishedofrfastinteprretationofthePCR—RDBresultsbyimagerecognition usingHoughtransform．Inaddition。asetofmobile—temr inals—basedresultsprocessingschemewereproposed．A softwarewasde— velopedofrautomaticinterpretationofthePCR—RDBresultsofrdetectingcommonmutationsin113thalassemiacasesandsubtypesof humanpapillomavirusin83cases．Theresultswerecomparedwiththoseofmanualinteprretation，withaconsistencyof100％ ．T