MM模型对重组人纤溶酶原Kringle 1结构域与配体分子的对接计算.pdfVIP

V01．31 高 等 学 校 化 学 学报 No．8 2010年8月 CHEMICALJOURNALOFCHINESEUNIVERSITIES 1630～1635 应用 ABEEM仍 MM 模型对重组人纤溶酶原 Kringle1结构域与配体分子的对接计算 张文龙 ，陈淑玲 ，杨忠志 (辽宁师范大学化学化工学院，大连 116029) 摘要 应用原子一键电负性均衡方法的浮动电荷分子力场 (ABEEMtrrr／MM)，对重组人纤溶酶原 Kringle1结 构域 (K1Pg)与配 体 —Aminocaproicacid(EACA)，trans-4一(Aminomethy1)cyclohexane一1一carboxylicacid (AMCHA)，L—Lysine(Lys)，7-Aminobeptanoicacid(7-AHA)和 Benzylamine进 行 了半柔性对接计算．用 ABEEMo-~r／MM模型优化得到的复合物 K1Pg／EACA和K1Pg／AMCHA的结构很接近实验晶体结构．此外通 过对 5种配体与K1Pg结合能的计算，得出5种配体与KlPg结合能的大小顺序为AMCHAEACA7-AHA LysBenzy—lamine，与实验中测得5种配体与K1pg的平衡结合常数 值大小顺序相一致． 关键词 ABEEMo-cr浮动电荷分子力场 ；重组人纤溶酶原 Kringle1结构域 ；结合能；氢键 中图分类号 0641 文献标识码 A 文章编号 0251-0790(2010)08—1630-06 人纤溶酶原 (Pg)是溶解纤维蛋 白(Pm)和溶解血栓过程 中关键的酶原前体之一，它 由7个相互协 调的Kringle(K)结构域组成，其中包含5个同源性很高的结构域 K1～K5l】，2J．目前，对 Pg中的前 5个 结构域Kl～K5与配体之间的相互作用进行了大量实验研究 j．应用到的配体主要有 —aminocaproic acid(EACA)，trans-4·(aminomethy1)cyclohexane一1一carboxy|ic acid (AMCHA)，L-lysine(Lys)， 7-aminoheptanoicacid(7-AHA)和Benzylamine等．其中，关于配体EACA和AMCHA与 魄 的研究相对 较多l5j．目前应用于生物体系模拟的传统力场模型 J，大多采用固定的原子中心电荷方法计算静电 势能，忽略了分子在外势场作用下电子云形状改变(静电极化)和电荷转移作用．大量的理论和实验研 究表明，静电极化作用对生物分子的结构和能量有着非常重要的影响 ．我们将原子-键电负性均衡 方法 (ABEEM) 融合进分子力场 (MM)后，建立与发展了浮动电荷分子力场 (ABEEM／MM) ， 该力场体现了原子问的极化作用，已经应用到纯水体系、离子体系、多肽 以及小蛋 白体系的研究 中 ．近年来，在原子．键电负性均衡方法 (ABEEM)基础上进一步发展起来的ABEEMo-zr／MM模 型 j，其 电荷位点不仅包括了原子 中心区域 ，还加入了O-键 、7r键和孤对电子区域 ，并且能够快速 准确地计算体系随外势场变化的电荷分布．本文应用ABEEMo-Tr浮动电荷力场对 5种配体与重组人纤 溶酶原Kringle1结构域 (K1Pg)的对接进行了理论研究，计算了5种配体与KlPg的结合能，并与实验 测得的结合常数进行了对 比． 1 模型与方法 1．1 ABEEMow／MM 浮动电荷模型 ABEEMowr／MM模型应用于K1Pg与配体对接计算的能量表达式为 T， E。 ：∑ (r—Feq)+∑ko(0一日)+∑ [1+cos(n一7)]+ bonds angles torsmn 一 ∑ (1一cos2咖)+∑[ q‘；qj)]十∑{ [()坦一()]} (1)