tupl突变对部基因网络表达的非线性影响.pdf

摘要 基因网络作为一种系统的、定量的研究方法正在受到重视，该方法建立在分子生 物学、非线性数学和信息学等多学科交叉的基础上。利用基因芯片来研究基因网络的 非线性行为特征是研制基因网络技术的基础。Tupl基因是酵母中作用最为广泛的转录 抑制因子之一，通过查找酵母生物信息学数据库中蛋白相互作用关系，构建了一个以 Tupl为中心，4个层次包括741个基因的局部基因网络。统计分析六张Tupl不同突 变的基因表达芯片数据，分析表达变化上下调倍数大于2的基因并进行统计；基因按 照是否必需性、网络中的结构层次位置、节点数以及基因所处位点等信息进行聚类。 将局部基因网络中的全部基因按照网络特征进行分类统计分析：必需＼非必需基因、网 络层次、网络节点和基因位点，并研究这些基因的网络特征与网络中节点表达变化之 间非线性的关系。 有225个基因在突变前处于抑制状态而突变后发生明显解抑制。(1)必需基因的 平均表达变化程度较非必需基因低，表达较为稳定，必需基因在网络中的节点数大， “连通性”也相对较高，对网络中的调控影响也较大；(2)在局部网络中，基因的调 控是分层次的，位于网络中心的基因层总体表达变化要tt,J,I,层较大；(3)基因表达变 化的强度与节点数目在节点数较小(1．5)的范围内成一定的反比关系；(4)表达变化 较大的基因分布，在网络结构中的分布并较为散乱，但是在染色体位点上的分布却较 明显的向染色体的端点集中；(5)XIII染色体的基因在Tupl删除突变中表达规模性 下调，Tupl在正常生长状态下可能对XIII染色体起到激活作用，这与大多数基因受 到抑制相反。 关键词：局部基因网络；表达变化；非线性；Tupl基因 ABSTRACT to characterizationofthe of network non-linearity genemicroarrayanalyze gene Using isabasisfor of network developmentgene technology．Tupl，aglobaltranscriptional usedtobuilda local of cerevisiae，was Saccharomyces repressor 74 their network(LGN)with1 by gene genesmainly of inDNA databasedon deletionandfive changeseverygene microarray Tupl point in havebeen in wereclassified．n硷wholetheLGN mutations analyzed genes statistically characteristiesof networkandtheessential＼non—essential accordantewiththe gene genes， network locus．Thenon—linear betweenthe the