一粒系小麦β-urothionin基因序列分析及snp标记开发.pdfVIP

SNP标记开发 研究生：李净琼 指导教师：魏育明 摘要 序列，从分子水平上研究purothionin基因在一粒系小麦中的遗传变异，并进行了 SNP分析，开发出特异的SNP标记。在此基础上，探讨了编码区SNP位点所引起 的氨基酸变异。主要研究结果如下： 个碱基具有一个SNP位点，29个SNP位点发生在外显子区，其余都存在于内含 子中。将43条序列进行多重比对，成功设计了5个SNP标记，并用其检测了 将102份一粒系小麦材料划分成21个单倍型，其中11个单倍型中仅含有一份材 料。 基因并不能按物种，亚种，以及地理来源分类。这说明purothionin基因不具有 物种特异性，也和地理来源关系不大。此外，相对于B基因组而言，来自一粒 3．在43个基因当中，8条序列的开放阅读框内出现了提前终止密码子，翻译产物 为不完整的蛋白，将其定为假基因，这8个假基因只出现在野生一粒小麦和乌 拉尔图小麦中。对其余35个编码序列的推导氨基酸进行分析， 35个氨基酸序 列相似性高达98．99％，编码区SNPs共造成了14个氨基酸变异，信号肽中含有 2个氨基酸变异，成熟thionin区具有7个氨基酸变异，酸性多肽区有5个变 异，从变异位点数占总氨基酸残基数的比例上看，成熟thionin区具有更丰富的 变异。一些生物活性功能上的重要氨基酸残基完全保守，如成熟thionin区的8 蛋白的正常生理功能。Purothionin蛋自在自然条件下可形成二聚体，其中Asn- 1l和Asn一14形成氢键参与二聚体的形成，pth42基因编码的氨基酸序列，出现 了一个Asnll-Aspll的变异，可能会对聚合物的形成造成一定影响。 关键词：一粒系小麦，purothionin，抗菌性，SNPs，单倍型 andSNPmarkersofthe Molecularcharacterization 12I— ineinkornwheats purothioningene 一‘ ● T● Ll Jing。qlong Directed Wei by：Yu—ming Abstract Basedonthe encodingpurothionin homologouscloning，forty-threegenesequences wheats．Genetic werecharacterizedfromthethree or ofeinkorn speciessubspecies SNPloci in levelwere thenanumberof variationsof molecule detected，and purothionin were the SNPmarkerswere acidvariationscaused detected，and special