PVYNTN-NW榆林分离物的全基因组序列测定与分析.pdfVIP

中国农业科学 2015,48(2):270-279 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2015.02.07 PVYNTN-NW 榆林分离物的全基因组序列测定与分析 1 1 2 1 1 高芳銮 ，常 飞 ，沈建国 ，谢联辉 ，詹家绥 1 2 （福建农林大学植物病毒研究所/福建省植物病毒学重点实验室，福州 350002 ； 福建出入境检验检疫局检验检疫技术中心/福建省检验检疫技术 研究重点实验室，福州 350001 ） 摘要：【目的】马铃薯Y病毒（ Potato virus Y，PVY）是马铃薯病毒科（Potyviridae ）马铃薯Y病毒属（Potyvirus ） 代表成员，是马铃薯和烟草生产中分布最为广泛并造成严重经济损失的病毒之一。研究旨在揭示 PVY 榆林分离物 ShX14 的全基因组特征，并准确判断其株系分子类型。【方法】根据已经报道的 PVY 不同基因保守区设计 11 对简 并引物，采用片段重叠法从感染 PVY的马铃薯病叶中扩增、克隆获得榆林分离物ShX14的全长序列，并对其序列 特征、重组位点、系统发育关系等进行分析。同时，应用系统发育与性状关联分析（phylogeny-trait association analysis）评估 PVY 分离物与株系的关联性。【结果】测序获得的 ShX14 分离物核苷酸序列全长为 9 724 nt（不 含 3′端的多聚腺苷酸尾）。该病毒基因组含有一个 9 186 nt 的开放阅读框，编码 3 061 个氨基酸的多聚蛋白 （polyprotein）。在 P3 顺反子中+2 相位上也发现由移码（reading frame shift）产生的 PIPO 蛋白。全基因组 序列比较分析显示，ShX14分离物与HN2、SYR-NB-16分离物（PVYNTN-NW 株系SYR-I型）的核苷酸、氨基酸序列的一 致性分别为98%—99%和98%—100%。该分离物的P1、HC-Pro/P3和CP基因的5′端均检测到显著的重组信号，重组 位点分别位于 2 318、5 674 和 8 385 nt，与 PVYNTN-NW 株系（SYR-I 型）的重组位点相似。系统发育分析结果显示 该分离物与 HN2、SYR-NB-16 分离物相聚成簇，表明其在系统发育关系上，与 PVYNTN-NW 株系（SYR-I 型）的亲缘关 系最近。系统发育分析与性状关联分析结果显示该分离物与 PVYNTN-NW 株系（SYR-I 型）的关联系数（association index, AI ）、简约分值（parsimony score, PS ）和最大单系分支（maximum monophyletic clade, MC ）3个统计 检验均显著，表明其与PVYNTN-NW 株系 （SYR-I型）存在显著的关联性。同时，应用多重RT-PCR 成功扩增出约为1 000、 600和400 bp 的3个特异性片段，与PVYNTN-NW 株系（SYR-I型）的特异条带大小相一致。这些结果也进一步确定该 分离物属于 PVYNTN-NW NTN-NW 株系（SYR-I型）。【结论】ShX14 分离物为N×O重组分离物，属于PVY 株系（SYR-I型）， 为后续深入开展该分离物的生物学等研究奠定了基础。 关键词：马铃薯Y病毒；全基因组；重组；系统发育；系统发育与性状关