苹果LysM基因家族的生物信息学及表达分析.pdfVIP

中国农业科学 2014,47(13):2602-2612 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2014.13.012 苹果LysM 基因家族的生物信息学及表达分析 周 喆，张彩霞，张利义，王 强，李武兴，田 义，丛佩华 （中国农业科学院果树研究所/农业部园艺作物种质资源利用重点实验室/国家苹果育种中心，辽宁兴城 125100） 摘要：【目的】在苹果全基因组中鉴定LysM，通过基因聚类分析、染色体定位、结构分析以及组织表达分析， 为苹果LysM 的功能研究和利用奠定基础。【方法】利用已公布的苹果基因组数据库GDR 和FEM-IASMA，鉴定苹果 LysM 基因家族成员，并对其进行编号。MdLysM 蛋白氨基酸序列的基本信息通过ExPASy Proteomics Server 进行 预测，亚细胞定位的预测利用WoLF PSORT 进行。采用MEGA5 软件构建了进化树。应用Plaza 程序绘制基因结构， 染色体定位信息取自GMDO，鉴定出的39 个基因的染色体定位作图使用MapInspector 完成；另外，通过实时荧光 定量RT-PCR 对各基因的组织表达特性进行分析，差异显著性分析通过SPSS 完成。【结果】系统地鉴定了39 个苹 果LysM 家族成员。这39 个MdLysM 蛋白包含241 至1 119 个不等的氨基酸残基，等电点分布在4.70—9.60 范围 内。亚细胞定位结果表明，苹果LysM 蛋白在细胞核、细胞质、叶绿体、液泡、胞外基质中均有分布。根据聚类分 析可将这些基因分为A、B 和C 3 组，且A 组又可进一步被分为Ⅰ、Ⅱ 和 Ⅲ 3 个亚族，说明它们的功能可能已 经发生了分化。MdLysM 蛋白结构域的预测结果及基因结构分析结果均与进化树聚类结果吻合。染色体定位表明， MdLysM 分布在苹果 17 条染色体中的 13 条上，且此家族的基因在 13 条染色体上的分布为非均匀的，其中以 4 号 染色体上分布最多，达到了9 个，而1、5、7 和8 号染色体上则未见分布。在苹果LysM 家族中鉴定出了10 对和 1 组旁系同源基因，MdLysM 基因间存在串联重复和片段重复，它们是苹果LysM 家族扩张的主要动力。对39 个基 因在根、茎、叶、花、果5 个组织器官中的实时荧光定量RT-PCR 结果显示，5 个器官中均能检测到MdLysM 的表 达，这些基因的组织表达模式具有多样性，表明它们在不同组织中可能扮演不同的角色。【结论】苹果LysM 基因 家族拥有39 个成员，进化上可分为3 组，基因结构的复杂程度与进化树聚类存在联系。39 个基因分布于13 条染 色体上，存在重复事件。这些信息为今后苹果LysM 基因家族的功能研究奠定了基础。 关键词：苹果；LysM 基因家族；系统发育分析; 表达分析 Bioinformatics and Expression Analysis of the LysM Gene Family in Apple ZHOU Zhe, ZHANG Cai-xia, ZHANG Li-yi, WANG Qiang, LI Wu-xing, TIAN Yi, CONG Pei-hua (Institute of Pomology, Chinese Academy of Agricultural Sciences/Key Laboratory of Fruit Germplasm Resources Utilization, Ministry of Agriculture/National Apple Breeding Center, Xingcheng 125100, Liaoning) Abstract : 【Objective 】 The objective of this study is to lay a basis for the further functional identification and application of LysM genes by bioin