苹果WRKY基因家族生物信息学及表达分析.pdfVIP

中国农业科学 2015,48(16):3221-3238 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2015.16.012 苹果WRKY基因家族生物信息学及表达分析 谷彦冰，冀志蕊，迟福梅，乔 壮，徐成楠，张俊祥，董庆龙，周宗山 （中国农业科学院果树研究所，辽宁兴城 125100 ） 摘要：【目的】鉴定苹果（ Malus domestica Borkh.）基因组上 132 个 WRKY 基因，为研究苹果 WRKY 转录因 子在非生物和生物胁迫以及生长和发育过程中的调控作用奠定相关理论基础，也为进一步分析苹果WRKY基因提供 信息。【方法】利用HMMER 3.0软件，通过WRKY保守域全蛋白序列PF03106 用于鉴定苹果WRKY基因。采用 WebLogo 3、DNAMAN 5.0、MapInspect、MEME和MEGA5.1等软件对其蛋白序列进行生物信息学分析。采用RT-PCR 技术检测 苹果WRKY基因的组织表达情况。【结果】鉴定得到132个苹果WRKY基因。分组鉴定和进化树分析结果显示，苹果 WRKY 蛋白分为 I、II 和 III 类型，I 组共有 24 个成员可进一步分为 I-C 和 I-N 亚组，其锌指结构是 C H 类型 2 2 （CXCX HXH）。II组含有1个WRKY区域共有79个成员，可进一步分为II-a、II-b、II-c、II-d和II-e亚组，分 4 22-23 别有8、12、31、14和14个成员，其锌指结构为C H 类型（CX CX HXH）。III组共有29个成员，其锌指结构为C HC 2 2 4-5 23 2 类型（CX7CX23-24HXC）；WRKY结构域分析显示，其高度保守，绝大多数都含有WRKYGQK七肽和锌指结构；染色体定位分 析显示，苹果 WRKY 分布于苹果17条染色体中，呈不均匀分布。染色体1和9上分布最多，为13个；其次是染色体 12，分布12个；染色体2、5和14分布最少，为4个；基因结构分析表明，MdWRKY基因家族多数由2—5个外显子 组成，基因结构进化高度保守；保守元件分析表明，MdWRKY基因家族包含10个保守元件：元件1—6为WRKY盒；元 件7—10为未知盒。MdWRKY基因家族都包含有WRKY盒，I组中含有2个WRKY盒，II-a和II-b亚组中含有未知元件 8，III组中含有未知元件7和9。半定量结果显示，12个MdWRKY 均在根、茎、叶、花和果中表达，且呈现出多种相 对表达模式。【结论】苹果WRKY基因家族结构高度保守，可能参与调控苹果生长和发育等过程。 关键词：苹果；WRKY；转录因子；生物信息学；基因家族 Bioinformatics and Expression Analysis of the WRKY Gene Family in Apple GU Yan-bing, JI Zhi-rui, CHI Fu-mei, QIAO Zhuang, XU Cheng-nan, ZHANG Jun-xiang, DONG Qing-long, ZHOU Zong-shan (Institute of Pomology, Chinese A