中国南方八省（自治区）水稻纹枯病菌群体遗传结构的SSR分析.pdfVIP

中国农业科学 2015,48(13):2538-2548 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2015.13.006 中国南方八省（自治区）水稻纹枯病菌群体 遗传结构的SSR分析 1,2 1 1 1 2 1 王 玲 ，左示敏 ，张亚芳 ，陈宗祥 ，黄世文 ，潘学彪 1 2 （扬州大学农学院/江苏省作物遗传生理重点实验室/教育部植物功能基因组学重点实验室，江苏扬州 225009 ； 中国水稻研究所/水稻生物学国家重 点实验室，杭州 310006 ） 摘要：【目的】明确中国南方水稻纹枯病菌不同地理群体的遗传结构，为研究该病害的流行规律提供信 息。【方法】采用 8 个 SSR 荧光标记对收集自中国南方 8 省（自治区）的 188 个水稻纹枯病菌进行检测。利 用 POPGENE version 1.31 软件计算各项遗传多样性参数，近交系数由 FSTAT 2.9.3 软件估算。基于马尔可 夫链模型，采用 GENEPOP 4.2 软件以卡方检验估计 Hardy-Weinberg 平衡。应用 Arlequin 3.1 软件进行分 子方差变异分析，并通过遗传分化系数计算基因流。基于 Nei’s 遗传距离，利用 MEGA5.0 软件构建 UPGMA 树状图。使用 STRUCTURE 2.3.3 软件的贝叶斯聚类法进行群体遗传结构分析，并估计群体间遗传混杂程度。 采用 Mantel test 检测遗传距离与地理距离的相关性。【结果】8 个地理群体的平均观测等位基因数和有效 等位基因数分别为 4.025 和 2.071。Shannon’s 信息指数为 0.659—1.088，平均为 0.859。等位基因丰富度 为 2.500—5.152，平均为 3.858。观测杂合度为 0.425—0.619，平均为 0.506。期望杂合度为 0.399—0.546， 平均为 0.472。总群体水平的近交系数（F = -0.069）为负值，表明总群体内杂合子过剩（纯合子缺失）。 IS Hardy-Weinberg 平衡检验表明，在 6 个群体中存在因杂合子的缺失或过剩引起的平衡偏离，暗示了水稻纹 枯病菌同时具有克隆生长和有性繁殖，两种繁殖方式间的平衡因群体而异。AMOVA 分析结果显示，有 88.14% 的遗传变异来自群体内部的个体间，表明遗传变异主要发生在群体内。Mantel 检测发现，遗传距离与其地 理距离之间呈显著正相关（r=0.422，P=0.025）。UPGMA 聚类表明，所有群体可被划分为遗传分化明显的两 个亚群（FST 0.209—0.624），其中位于珠江沿岸的广宁和长塘群体为一个组群，而位于长江沿岸的 6 个群 体为另一组群，与遗传结构分析结果一致。位于长江沿岸的群体遗传混杂明显，基因交流水平高（Nm=2.525 —8.447），群体分化程度较低（F =0.029—0.094）。【结论】中国南方水稻纹枯病菌分布范围广泛、可能的 ST 混合繁殖模式以及菌核或菌丝具有远距离传播特性，是导致其遗传多样性水平较高的原因。长江亚群内部 个体在不同群体之间的迁移所形成的基因流动，在一定程度上阻止了群体间的遗传分化。而长江亚群和珠 江亚群之间存在明显的遗传分化，推测病原菌有限的长距离迁移可能是群体遗传变异空间结构形成的主要 原因。 关键词：水稻纹枯病菌；SSR标记；遗传多样性；遗传分化；基因流 SSR Analysis of