异源四倍体鲫鲤中基因组以及其转录水平的重组现象的发现.pdfVIP

摘要 异源四倍体鲫鲤(4nAT)是世界上首例培育成功的两性可育的 auratusred 四倍体动物群体，是通过红$即(Carassius var．，2n=100， RCC，早)和湘江野鲤(CyprinuscarpioL，2n=100，CC，艿)的人工远 缘杂交获得，具有雌雄两性可育和遗传性状稳定的特点，代代相传， 已经具备了形成一个染色体数目为200的新型的鱼种的前提条件。研 究异源四倍体鲫鲤在基因组和转录水平的重组现象对研究远缘杂交 过程中的进化具有重要作用。本论文在验证转录组数据的基础上，通 过对4个基因不同个体的全长测序初步分析了异源四倍体鲫鲤的重 组现象，另外通过与其他物种构建发育进化树进行了比较研究。 1．验证转录组数据库 在转录组数据库中随机挑选出7个拼接后显示有重组现象的基 序列。结果显示有4个基因不管是基因组还是转录水平都真的具有重 基因虽然目前没有验证到重组现象，但也有可能是测序太少的原因。 总之，这一结果在很大程度上证明了转录组数据库的真实性和准确 性。 2．亲子代之间或同一物种不同个体之间核苷酸含量分析 通过对鲤鱼、红鲫和异源四倍体鲫鲤的核苷酸含量分析，同一物 种不同个体之间同一基因相同核苷酸含量差异较小，基本上不会超过 万方数据 O．4％。异源四倍体鲫鲤做了3个个体，每个个体的A、G、C、T含 量在不同基因各有波动，与亲本没有固定规律。亲子代之间同一基因 的相同核苷酸含量差异不大，基本上不会超过1％。异源四倍体鲫鲤 的slcl 50％，大量的研究表明接近60％的启动子附近都伴随有CpG岛，而 CpG岛的出现会导致GC含量的提高，所以GC含量大于50％的基因 很有可能是功能基因，序列较稳定；异源四倍体鲫鲤的Tabl和Mrpll 基因的GC含量和鲤鱼、红鲫的含量关系存在波动，但均小于50％， 就是说AT含量均大于50％，有研究表明AT含量较高时，序列的稳 定性可能降低，这可能就是这两个基因核苷酸含量与亲本含量关系存 在波动的重要原因。 3．PCR和测序结合法进行SNP的筛选 本论文通过大量的克隆测序，找出SNP位点并确定碱基替换类 型。研究表明，在这些具有重组现象的基因中，C．T和G．A转换的概 率明显要大于其他碱基的颠换，在Tabl基因中甚至超过2／3的概率。 转换的概率如此高，可能是因为人类基因组中最易发生突变的位点是 CpG二核苷酸上的C，C常为甲基化，可自发地脱去氨基而形成T。 异源四倍体鲫鲤的SNP位点明显多于其亲本鲤鱼和红鲫的。 基因中，异源四倍体鲫鲤的SNP位点为45个，其亲本则都是11个。 II 万方数据 根据这些SNP位点可以鉴定重组。 4．重组类型的分类和DNA序列的基本特征 本论文中的四个基因不管在基因组还是转录水平上都有重组现 象，将测得的原始杂交序列分类，然后在能分为母本序列和父本序列 的情况下，仍然能发现重组序列的存在，就说明重组确实是存在的。 异源四倍体鲫鲤中这四个基因的重组序列属于“遗传变异型，这些序 列从分子水平上证明了异源四倍体鲫鲤群体在进化过程中与其亲本 相比产生了很大的遗传变异。重组序列从两个方面进行分类，一是根 据SNP位点；二是根据与亲本同源序列的组成模式，其中“H．L类 型和“L．H，’类型最为常见。 这四个基因在鲤鱼、红鲫和异源四倍体鲫鲤中外显子长度没有差 异，只有个别核苷酸位点表现出差异，表现出较高的保守性，而这些 基因中能检测出内含子的DNA序列均有片段的缺失、插入，且这些 都存在于内含子部分，即内含子表现出与外显子不同的保守性。 5．系统发育分析 利用MEGA5．1软件，对鲤鱼、红鲫、异源四倍体鲫鲤以及其他 物种绘制ML系统发育进化树。在四个基因的进化树中，异源四倍体 鲫鲤始终与亲本鲤鱼、红鲫处于同一分枝上，与其他物种相比，鲤鱼、 红鲫和异源四倍体鲫鲤之间分化程度不高。且这三种鱼始终都与斑马 鱼聚集在同一枝上。另外，亲缘关系较近的鱼类始终聚集在同一大的 分枝