基于第二代测序的大鳞副泥鳅生长相关SNP标记的开发.pdfVIP

江苏农业科学　２０１４年第４２卷第１０期 — ２１— 葛　辰，凌去非，李彩娟，等．基于第二代测序的大鳞副泥鳅生长相关ＳＮＰ标记的开发［Ｊ］．江苏农业科学，２０１４，４２（１０）：２１－２７． 基于第二代测序的大鳞副泥鳅生长相关ＳＮＰ标记的开发 葛　辰，凌去非，李彩娟，叶竹青，韩晓飞，王国成，朱鹏飞 （苏州大学医学部基础医学与生物科学学院，江苏苏州２１５１２３） 　　摘要：大鳞副泥鳅是鳅科重要经济鱼类，通过ＩｌｌｕｍｉｎａＨｉＳｅｑ２０００测序平台对２个大鳞副泥鳅样本的转录本进行 了高通量测序，其中ＡＢ２０１１Ｍ－１是群体中生长较快的１０尾鱼的混合转录本，ＡＢ２０１１Ｍ－２是生长较慢的１０尾鱼的 混合转录本。通过对以上２个混合转录本的测序，分别获得了６５５３６和８０７８６个单核苷酸多态性（ｓｉｎｇｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ，ＳＮＰ）突变；对２个测序样本进行表达差异的比较，获得了３９个表达差异基因。随机选取１２０个位点设 计引物，进行验证分析，共获得１６个有效的多态性标记。 　　关键词：大鳞副泥鳅；高通量测序；ＳＮＰ；多态性标记；引物设计 　　中图分类号：Ｓ９１７．４　　文献标志码：Ａ　　文章编号：１００２－１３０２（２０１４）１０－００２１－０７ 　　大鳞副泥鳅（Ｐａｒａｍｉｓｇｕｒｎｕｓｄａｂｒｙａｎｕｓ）属鲤形目鳅科花 单链构想多态性（ｓｉｎｇｌｅｓｔｒａｎｄｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ， ［１２］ 鳅亚科副泥鳅属，别称板鳅、黄板鳅，是一种底栖杂食性淡水 ＳＳＣＰ） 、直接测序等方法。这些方法各有所长，在不同的 鱼类，主要分布于东亚地区。大鳞副泥鳅的肉质鲜美、营养丰 分析领域得到了广泛的应用。其中，最快捷、开发量最大的是 ［１］ 富 ，近几年来，其市场需求量不断增大，已成为我国重要的 高通量测序方法，该方法通过不同个体的同一ＤＮＡ片段的直 ［２］ 水产养殖物种 。 接测序以及序列比对，使ＳＮＰ突变的检出率可达１００％，且可 育种是应用各种遗传学方法，改造生物的遗传结构，实现 以直接得到突变碱基的类型及其准确位置等 ＳＮＰｓ分型的 ［３］ ［１３－１４］ 培育出高产优质品种的目标 。通过传统育种方法获得一 参数 。 ［４］ ［１５］ ［１６］ ［１７］ 个新品种需要经过５代以上人工选择 ，因此，利用传统的育 在水产动物中，鲤 、草鱼 、大口黑鲈 、栉孔扇 ［１８］ 种方法获得优良品系需要投入大量的时间、人工和资源；且育 贝 等均已有ＳＮＰ的研究报道，但迄今为止，尚未见到通过 种操作多凭经验来控制选择手段，影响因素较多，不能快速满 高通量测序批量开发大鳞副泥鳅 ＳＮＰ的研究报道。本研究 足当前渔业发展对水产良种的需要。 旨在开发与生长差异相关的多态性ＳＮＰ标记，为大鳞副泥鳅 随着分子生物学的发展，分子标记辅助育种（ｍｏｌｅｃｕｌａｒ 的分子育种奠定理论基础和实践方法。 ａｓｓｉｓｔｅｄｓｅｌｅｃｔｉｏｎ，ＭＡＳ）技术已日趋成熟。最早应用于 ＭＡＳ