利用规则推导方预测人类非小细胞肺癌中microRNA介导的基因调控模块.pdfVIP

目 录 一、摘要 中文论著摘要…………………………………………………………………1 英文论著摘要…………………………………………………………………4 二、英文缩略语……………………………………………………………………7 三、论文 前言……………………………………………………………………………8刚舌………………………“………………………”………………………”S 材料与方法………………………………………………………………9 结果……………………………………………………………………13 讨论…………………………………………………………………………3l 结论…………………………………………………………………………33 四、本研究创新性的自我评价…………………………………………………34 五、参考文献……………………………………………………………………35 六、附录 综j态…………………………………………………………………………37 在学期间科研成绩…………………………………………………………52 致谢…………………………………………………………………………53 个人简介……………………………………………………………………54 ·中文论著摘要· 利用规则推导方法预测人类非小细胞肺癌中mi croRNA 介导的基因调控模块 刖 舌 microRNA是一类非编码小分子RNA，在转录后水平负性调控基因表达。越来 越多的研究表明miRNA和多种癌症相关并在肿瘤的发生发展、转移及预后中起到 重要的作用。肺癌是发病率和死亡率增长最快、对人类健康与生命危害最大的恶 性肿瘤之一。目前在肺癌miRNA方面的研究绝大部分集中在发现新的miRNA及其 靶基因。本研究尝试寻找miRNA与其靶基因在肺癌中的调控模块。miRNA调控模 块(MRM)是参与到相似生物学过程具有相似的生物学功能的一组miRNA及其靶基 因，用来揭示miRNA与其靶基因的关系和相互作用 材料与方法 cancerand“microRNA，下载实验E-TABM一22中的miRNA表达数据。该数 据集共有245个人类肺癌和肺癌细胞系样本的miRNA表达数据，其中包含104个 非小细胞肺癌样本(65个腺癌和39个鳞状细胞癌)表达数据，135个miRNA。 表达数据表分别与miRNA靶基因结合数据对比，确定共同存在于两种数据集中的 基因数量和具体基因。确定需分析的miRNA和基因之后，利用相关分析的方法分 别对这些miRNA和基因的表达情况进行两两相关分析，建立1个miRNA表达相关 矩阵和8个基因表达数据相关矩阵。 3水平，共产生166个MRM。本研究将MRM按照基因表达数据样本的组织类型分为 三类。I类是仅由样本的组织学类型是腺癌的基因表达数据推导产生的MRM；II 类仅由样本的组织学类型是鳞状细胞癌的基因表达数据推导产生的MRM；III类是 由两类样本的基因表达数据推导产生的MRM。 本体(Go)定义。共选取了119条GO注释条目，其中生物过程相关66条，细胞 组件相关17条，分子功能相关36条。 讨 论 miRNA在肺癌的发生发展中扮演着重要角色，miRNA表达异常可能导致肺癌发 族)。let-7家族表达异常是人类肺癌的特征之一。在本研究中的非小细胞肺癌相 要有以下功能：正性调节生物学过程、蛋白质代谢调节和影响水解酶与ATP酶活 献报导与非小细胞肺癌有关。miR-17-92簇过表达在肺癌的形成和进展中起到重 要作用。模块111中基因的主要功能有：负性调控核苷酸代谢(ATR和ATXNl)、 2 有关。本研究也结合文献分析了其它非小细胞肺癌相关MRM中包含的miRNA的功 能。 DH等 本研究探讨了一种改进的发现非小细胞肺癌相关MRM的方法，以Tran 人的研究为基础，改变数据选取来源，从权威的标准化数据库中下载数据。同时 增加过滤规则，即去除由单一基因表达数据表推导产生的调控规则。改善