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鼠疫耶尔森氏菌PYC质粒的全基因组初步分析 中文摘要 鼠疫耶尔森氏菌PYC质粒的全基因组初步分析 研究生 何 电 导 师 董兴齐 指导教师 周冬生 指导教师 张洪英 指导教师 郭英 【目的】 应用生物信息学工具和实验室方法对鼠疫耶尔森氏菌6KB(PYC)质粒的全 基因组序列进行初步分析并对其来源、基因组编码的功能进行预测。 【方法】 通过美国国立图书馆网站序列比对搜索工具(BLAST)对鼠疫菌PYC质粒全 序列进行核酸与核酸、蛋白与蛋白比对研究。然后应用生物信息学工具对鼠疫菌 PYC质粒的全基因组序列进行初步分析，并对其基因和外显子区域进行预测，研 究其中两个区域的蛋白质结构域和功能。同时对鼠疫菌PYC质粒的密码子偏好进 行分析。最后应用斑点杂交的方法，将整个PYC质粒设计为探针，随机抽取鼠疫 近缘菌的肠杆科细菌40余种，对他们全部的DNA进行斑点杂交。 ’ 【结果】 BLAST比对发现鼠疫菌PYC质粒部分基因与宋内志贺氏菌质粒pKYM，伤寒沙 码蛋白具有同源性，核酸序列一致性达到89o／60。序列分析发现该质粒含有两个 基因区，第一个基因区可能编码着一个毒素和反毒素系统RelBRelE。第二个 基囚区可能编码着一个复制子RepB、结连转移蛋白VirB6、四型分泌系统T4SS。 密码予偏好分析发现古老型鼠疫菌的三个质粒中PMTl和PCDl质粒的密码子相 似，而与PCPl存有一定的差异，这三者与云南PYC质粒的密码子偏好差异较大， 2 鼠疫耶尔森氏菌PYC质粒的全基因组初步分析 密码子使用频率RSCU值存在差异。斑点杂交结果显示，对随机抽取的近40余种 鼠疫近缘菌全部的DNA进行斑点杂交的结果均为阴性。 【结论】 BLAST的比对分析认为PYC质粒的来源和功能可能与肠杆菌属细菌相关。序 列分析发现RepB可能与质粒复制有关。VirB在细菌表面起作用，他指导着大分 子进入细胞，是IV分泌系统组成的必需元件。T4SS结构域家族成员是IV分泌 系统组成元件，他们通过一种原始的细菌结合机制调节大分子在细胞内的转移。 RelB和RelE构成一个毒素和抗毒素系统，RelE通过和核糖体的结合阻止蛋白 质的翻译，而RelB和RelE结合解除了阻止过程，这一对系统对质粒的存在起稳 定性的作用。密码子偏好分析认为鼠疫菌在获得PCPI和PYC质粒的时间可能要 粒有可能是最近才获得的。斑点杂交发现该质粒只存在于某些鼠疫菌中，说明该 质粒不是从这些鼠疫菌近缘菌(肠杆科属菌)获得的，可能是通过质粒转移等方 式从其他外界获得的。综合以上的初步分析，PYC质粒具有与质粒复制与分配相 关的基因，可能作为一个相对独立的遗传元件在不同的细菌问传递，PYC质粒很 有可能是通过基因水平转移过程由其它细菌传递到鼠疫菌中的，所以有关该质粒 的来源还须做进一步研究。 【关键词】 鼠疫菌；PYC质粒；生物信息学；斑点杂交；功能和来源 3 鼠疫耶尔森氏菌PYC质粒的全基因组初步分析 ABSTRACT Genome ofYersiniaPYC CompleteAnalysis pestisplasmid MastercandidateHeDian SupervisorDongXingqi Assistant supervisorZhouDongsheng i