蛋白质序列特征表达及其在亚细胞定位预测中应用.pdf

蛋白质序列特征表达及其在亚基定位预测中的应用 摘 要 分子药物设计是利用蛋白质的结构和功能信息来造福人类的有力工具，对蛋 白质的序列一结构一功能之间的关系进行阐释是后基因组时代的一项重要任务。 随着研究的深入，研究者发现蛋白质的结构类和亚细胞位置都与20种常见氨基酸 在序列中的组成密切相关。在根据氨基酸序列预测蛋白质的结构类或亚细胞位置 等问题中，氨基酸序列的特征描述会直接影响到预测质量。 本文主要围绕蛋白质序列的特征表达这一主题，针对蛋白质序列的图形表示 方法及其在亚细胞定位预测问题，做了深入的研究。主要工作包括： 首先，本文完全基于蛋白质序列进行研究，数字特征提取所依据的信息直接 来源于序列本身。论文提出了一种新的三维蛋白质序列图形表示方法，为20种常 见氨基酸构建了映射坐标，再由映射坐标构造蛋白质序列的坐标。蛋白质对位排 列表BLOSUM62计分矩阵体现了20种常见氨基酸与其它氨基酸配对的统计信息， 并支持亲缘关系较远的蛋白质序列相似性分析，本文从该矩阵中提取20种常见氨 基酸的计分信息作为其映射坐标雅；从大量的序列中统计出20种氨基酸的出现 频率值，作为X映射坐标；用蛋白质序列的序号值作为氨基酸的Z映射坐标值。蛋 白