甜瓜持绿蛋白基因家族的全基因组鉴定及进化分析.pdfVIP

136 广东农业科学 2014年第 13期 甜瓜持绿蛋白基因家族的全基因组 鉴定及进化分析 巴德仁贵，赵 乾 ，任凤蕊，马 勇，哈斯阿古拉 (内蒙古大学生命科学学院／内蒙古 自治区牧草与特色作物生物技术重点实验室 ，内蒙古 呼和浩特 010021) 摘 要 ：持绿蛋白在调节植物 叶绿素降解和衰老过程中起到非常重要的作用 ，利用公布的甜瓜基 因组数据 ，使 用生物信息学方法对甜瓜全基因组SGR基因的结构 、系统进化关系 、保守基序及表达谱进行分析。结果表明：甜瓜 中 共有 4个 SGR类型基 因，命名为 CmSGRO1～CmSGR04，其蛋白质在 167～257aa之间，通过系统进化树分析 ，发现甜 瓜与黄瓜属同一科 ，它们的SGR聚在一起 ，说明相对其他物种 ，二者的SGR蛋 白在其他物种分化后进化较小；MEME 软件分析发现了SGR基因含有 5个保守的基序。通过甜瓜 SGRs基因家族的系统分析 ，为进一步 阐明甜瓜 中SGR蛋 白结构及功能提供理论基础和有价值的资料。 关键词 ：甜瓜 ；持绿蛋白：基因家族 ；生物信息学分析 中图分类号 ：$652：Q349~．55 文献标识码 ：A 文章编号 ：1004—874X(2014)13—0136—04 Bioinformaticsanalysisofstay-greengenesfamilyinmelon BADERengui，ZHAOQian，RENFeng—rui，MAYong，HASIAgula (CollegeofLifeSciences，InnerMongoliaUniversity~InnerMongoliaKeyLaboratory ofHerbageEndemieCropBiotechnology,Hohhot010021．China) Abstract：Stay—Greenprotein(SGR)playesaveryimportantroleinregulatingplantchlorophylldegradationandaging process．Inthisstudy，melongenomedataweredownloadedfrom melongenomesequencingprojectswebsites．The structure，evolutionrelation，conservedmotifsandexpressionprofilewereresearchedbybioinformaticsmethod．Theresults showed that4 SGR geneswereidentified inmelon genome．AndCmSGR01一CmSGR04werenamedrespectively，with protein aminoacidnumberbetween 167—257aa．Throughtheanalysisofphylogenetictree，melonandcucumberbelonged tothesamefamily，andSGR gatheredtogether．Relativetootherspecies，theSGR proteinsevolutedsmallerthan inother speciesdifferentiation．MEME analysisconfirmedSGR proteinfamilycontainedfiveconservedmotifs．Throughtheanalysis ofCmSGRs genefamilies，the CmSGRs protein sturcture and function were further clarified toprovide theoretical foundationandvaluableinformation．