番茄LeABI3基因的生物信息学分析.pdfVIP

生物技术通报 ·研究报告 · B IO TECHN OLO G Y　BULL E T IN 2009年第 11期 番茄 L eAB I3 基因的生物信息学分析 范晶 黄明远 李仲芳 梁梓 伏秦超 雷常安 (乐山师范学院化学与生命科学学院 ,乐山 6 14004 ) 　　摘 　要 : 　对所克隆到的番茄 L eAB I3 基因测序结果进行序列分析 ,发现得到 L eAB I3 基因的 2种转录本 。应用生物信息学 的方法和工具对 L eAB I3 蛋白质的理化性质 、跨膜区域 、疏水性 /亲水性 、二级结构 、结构功能域和同源树进行分析 ,结果表明 此蛋白是包含一个保守 B3结构功能域的亲水性不稳定蛋白,相对分子量为 65. 4 kD ,等电点为 6. 54 ,可能存在 2个跨膜区域 。 α 蛋白质二级结构中的主要构成元件是 螺旋和不规则卷曲,蛋白质同源分析发现番茄 L eAB I3和马铃薯 vp 1AB I3 类蛋白相 似度最高 , 同源性为 89% 。 关键词 : 　番茄 L eAB I3 基因 生物信息学 B io informa tics Ana lysis of L eAB I3 Gene in Toma to Fan J ing Huang M ingyuan L i Zhongfang L iang Zi Fu Q inchao L ei Changan ( Colleg e of Chem istry and L if e S cience, L eshan N orm a l Un iversity, L eshan 6 14004) 　　Ab s tra c t: 　Two k ind s of L eAB I3 gene tran scrip ts were found after tom ato L eAB I3 cDNA sequence wa s analyzed. The physical and chem ical p rop erties, tran sm em brane region, hydrophob icity / hydroph ilicity, secondary structure, functional dom ain and homology tree of L eAB I3 p rotein were analyzed by u sing b io inform atic s m ethod s. R e su lts showed that the calcu lated mo lecu lar m a ss wa s 65. 4 kD , and theoretical isoelectric po in t wa s 6. 54. There m ay be two tran sm em b rane region s, and the m ain componen ts in the p rotein secondary α structu re were helix and R andom co il. Protein homo logy analysis showed that tom ato L eAB I3 and potato vp 1AB I3 like p rotein have the h ighe st homology w ith the sequence iden tity of 89%. Key w o rd s: 　 Tom ato L eAB I3 gene B io inform atic s ( ) 　　脱落酸 ab s