从完全基因组出发建立原核生物亲缘关系和分类系统 时遇 ….pdfVIP

中国科学: 物理学 力学 天文学 2014 年 第44 卷 第12 期: 1301 – 1310 SCIENTIA SINICA Physica, Mechanica Astronomica 非线性科学专辑· 评述 从完全基因组出发建立原核生物亲缘关系和分类系统 时遇到的数学问题 †† †† * 李强 , 左光宏 , 郝柏林 复旦大学物理系和理论生命科学研究中心, 上海200433; 科学院和马普学会计算生物学伙伴研究所, 上海200031 * 联系人, E-mail: hao@ †† 同等贡献 收稿日期: 2014-04-23; 接受日期: 2014-07-14 国家重点基础研究发展计划(编号: 2007CB814800, 2013CB834100)、上海市基础研究计划(编号: B111) 和复旦大学物理系应用表面物理国家 重点实验室资助项目 摘要 我们课题组近10 年所发展的组分矢量(CVTree) 方法, 已经成为从完全基因组出发而不使用序列联 配来构建细菌亲缘关系的有效手段. 在整个生物分类学日益后继乏人的背景下, 组分矢量(CVTree) 方法伴随 着基因组时代的发展, 成为人人可以方便使用的微生物分类的定义性工具. 本综述不讨论CVTree 的生物学结 果, 而着重从非线性科学的角度, 介绍我们在研究过程中所提出和解决的数学问题. 这将涉及组合学、图论、 形式语言学等离散数学的篇章. 我们特别希望, 本文所列举的一些尚未解决的数学问题能引发新的研究工作, 使CVTree 方法的理论基础更为坚实. 关键词 无序列比对, 全基因组亲缘关系, 原核生物, 组合学, 欧拉圈, 可因式化语言 PACS: 02.50.Ga, 02.10.Ox, 02.70.Rr doi: 10.1360/SSPMA2014-00124 [1] 1 引言 年代后期, Woese 及合作者 采用核糖体小亚基的 16S rRNA 序列作比较分析, 这一领域开始迅速发展. 原核生物(Prokaryote) 是古菌(Archaea) 和细菌 历时 12 年才出版齐全的《伯杰系统细菌学手 (Bacteria, 过去曾称为真细菌Eubacteria) 的总称. 这 [2] 册》第二版 已经尽可能基于16S rRNA 序列分析. 些单细胞微生物同真核生物一起并居三个生命超界 这一事实隐含的原则性问题是: 现代原核生物的亲 中的两个, 在生物演化过程和地球生态系统中起着 缘关系和分类系统愈益“合二为一”, 对它们的正确 重要作用. 然而, 由于形态特征有限, 原核生物的亲 性必须有客观检验, 这种检验在数据和方法两方面 缘关系和分类系统的研究曾长期落后于多细胞动植 都应当独立于传统的16S rRNA 序列分析. 物. 特别由于缺少一切原核生物所共有的蛋白质序 列, 分子水平上的演化研究更曾停滞不前. 直到1970 我们组所发展的组分矢量 (简称 CVTree) 方 引用格式: 李强, 左光宏, 郝柏林. 从完全基因组出发建立原核生物亲缘关系和分类系统时遇到的数学问题. 中国科学: 物理学力学天文学, 2014,