生物信息学总复习详解.ppt

蛋白质结构的弱（远程）同源模拟 依据：研究表明蛋白质序列之间存在很低的序列相似性，但它们仍具有结构相似性。因此，弱同源模拟可拓宽同源模拟的使用范围。 第一代方法 (又称为 Threading 和 Inverse folding):将待测的氨基酸序列与已知的蛋白质结构进行匹配，找出匹配最好的结构作为结构预测模板 最早的文献： Bowie JU, Luthy R, Eisenberg D.（1991）“A method to identify protein sequences that fold into a known three-dimensional structure.” Science，253:164-70. 第二代方法 （又称为Fold Recognition):最显著特点是多信息耦合，特别是对PSI-BLAST的整合。代表着目前蛋白质结构预测最为活跃的一个课题。 推荐最成功的结构及功能预测程序 I-TASSER: /I-TASSER/ I-TASSER (Iterative Threading ASSEmbly Refinement) is a bioinformatics method for predicting three-dimensional structure model of protein molecules from amino acid sequences. 蒙特卡洛算法(Monte Carlo) 蒙特卡罗方法解题过程的三个主要步骤： 构造或描述概率过程 实现从已知概率分布抽样 建立各种估计量 从理论上来说，蒙特卡罗方法需要大量的实验。实验次数越多，所得到的结果才越精确。 蒙特卡罗算法估算PI 蒙特卡罗算法经典例子之一。 正方形面积=4*R*R 圆形面积=PI*R*R PI=(正方形面积/圆形面)*4 长度为R #!/usr/bin/perl # To calculate pi using Monte Carlo method. $i=0; $cycles = 200000; while ($i $cycles) { my ($x, $y, $cdnt) = 0; $x = rand; # 0 ~ 1 $y = rand; # 0 ~ 1 $cdnt = $x**2 + $y**2; if ($cdnt = 1) { ++$yespi; } ++$i; $pi = ($yespi / $i) * 4; print Draw $i Pi is $pi\n; } 目前表现好的二级结构预测方法的精度一般能超过70％ （） 生物信息学仅仅是用计算机来存储生物学数据的一种技术 （） 典型的二级结构预测方法通常也能预测出一个蛋白形成coiled coil的区域 （） 一个好的二级结构预测方法，往往可以获得蛋白质空间结构的原子坐标 （） 程序设计中的正则表达式可以很好的用于表示生物学中的Motif （） 二级结构预测的基本原理是同一氨基酸在不同的蛋白结构中均能形成相同的二级结构 （） 相比较而言，?-折叠比?-螺旋更容易被准确预测 （） 两个蛋白质结构相似，其生物学功能一定相似 （） 蛋白质通过它特定的三维结构行使其生物学功能 （） 10、两个蛋白质生物学功能相似，其空间结构一定相似 （） 11、一旦实验获得某蛋白质的空间结构，其相应的生物学功能也就知道 （） 12、如果某蛋白的空间结构已被实验测定，则只需输入该蛋白的一级序列，Pymol软件可产生该蛋白三维结构图 （） 13、如果某蛋白的空间结构还未被实验测定，则可先通过蛋白质结构预测（例如同源模拟），获得原子坐标文件（例如PDB文件），作为Pymol软件的输入，然后Pymol软件方可产生该蛋白三维结构图 （） 14、生物信息学中的序列比对算法可以应用于蛋白质结构预测中找模板(template)（） 15、如果某蛋白的空间结构还未被实验测定，Pymol可利用同源模拟原理，预测蛋白质三维结构，并提供结构可视化的工具 （） 16、Pymol是一个免费的蛋白质空间结构预测软件，它集成了不同的蛋白质结构预测方法 （） 17、Pymol软件产生的蛋白三维结构图就是蛋白质结构实验测定中观测到的蛋白质结构的图像 （） * yyyy-mm-dd NRC/dpt - name/ * 结构与功能关系：不同结构相同酶功能 (趋同进化） If two such proteins have quite distinct protein folds as well a