第三章核酸序列的一般方案.ppt

第三章 核酸序列的一般分析 第一节 核酸序列的检索 第二节 核酸序列的基本分析 第一节 核酸序列的检索 核酸序列检索是核酸序列分析最为基本的一个方面。 通过NCBI使用Entrez系统进行检索。 通过EBI的SRS服务器来检索。 第二节 核酸序列的基本分析 分子量、碱基组成、碱基分布 核酸序列的分子质量、碱基组成、碱基分布等分析可通过一些常用软件如BioEdit、DNAMAN等直接获得。 序列变换 进行序列分析时，经常需要对DNA序列进行各种变换，例如反向序列、互补序列、互补反向序列、显示DNA双链、转换为RNA序列等。这些使用DNAMAN软件可以很容易实现这些功能集中在“显示序列”，从中可选择不同的序列变换方式对当前的序列进行转换。 限制性酶切分析 DNAMAN、BioEdit、DNAStar 克隆测序分析 测序峰图的查看：Chromas.exe BioEdit DNAMAN 载体序列的去除：/VecScreen/VecScreen.html ORF分析 基因编码区是指可以由核糖体翻译成蛋白质的序列，它的5’端有转录和翻译的起始位点，3’端有终止位点。基因的起始位点通常是ATG，终止位点为TAA、TAG、TGA。一个起始和终止密码子之间的序列称为一个开放阅读框（Open Reading Frame，简称ORF），它是一个潜在的蛋白质编码区。 /gorf/gorf.html /gorf/gorf.html 引物设计 从原理来说，引物的设计和分析并不是DNA序列分析的一个基本方法，但是在分子生物学研究中常常需要用到。我们主要介绍针对PCR的引物设计。 引物设计有3条基本原则 引物与模板的序列要紧密互补 引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构 引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应(即错配)。 Primer Premier 5.0 下载/primerdesign/primerdesign.html 安装 执行安装程序即可 *下载的为demo版，只能对它的示例序列进行操作 在C盘下找到WIN.INI，将vspace=DU改为vspace=PU便可以使用全部功能） Primer Premier 5.0 功能 可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物，而在手动的任何时候，下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等。也可以给定条件，让软件自动搜索引物，并将引物分析结果显示出来，而且进行这些操作非常简单。 Primer3 / * * ORF finder 输入序列 在Enter GI or ACCESSION 后面的框中输入公共序列的gi号或ACCESSION号 在or sequence in FASTA format 后面的框中输入完整的序列 设置序列范围 在FROM: TO: 后面的框中输入进行ORF查找的序列范围 Genetic codes 可以选择采用何种遗传编码 按OrfFind 按钮即可执行 引物长度20-30个，最好不要超过30个； Tm=（A+T）X 2+（G+C）X 4，退火温度为Tm-7 G+C%=40-60% 5’、3’ 引物退火温度最好相等； 四个相同的碱基相连最好不要出现； 引物的最后一个避免为A 或T。 实际引物设计采用的几条原则 其他引物设计软件： 保护碱基的设计