proteomics-2012(2015)要点.ppt

Genome Genomics Transcriptome Transcriptomics Proteome Proteomics Metabolome Metabolomics 蛋白质组学这部分，大家掌握下面三个问题就可以了 ： 简述蛋白质组学研究中常用的四类研究技术，并举例说明具体包括哪些方法。 简述生物质谱的基本工作原理。质谱仪的主要组成部分及功能？ 如果你现在研究的材料（例如某种细菌、真菌、藻类、植物、动物或某类培养细胞）需要用到双向电泳技术来分离，该样品的前处理步骤有哪些（即样品制备的步骤）？  蛋白质组学的研究方法和进展 第一节 蛋白质组学产生的背景和基本概念 第二节 蛋白质组学研究技术方法概述 第三节 蛋白质组功能模式的研究方法 第四节 蛋白质组学在研究中的应用 主要内容 第一节 产生背景和意义 随着人类基因组计划的完成, 生命科学的研究进入了后基因组时代.(And now for proteome ; Proteomics in genome land) 基因是遗传信息的源头，而功能性蛋白是基因功能的执行体 基因，mRNA和蛋白质之间并无严格的线性关系 翻译后修饰、蛋白定位或迁移、蛋白质相互作用 从genome到proteome From geome to proteome. 基本概念 蛋白质组(Proteome)这一概念由澳大利亚学者Wilkins和Williams等人于1994年提出, 它源于蛋白质(protein)与基因组(genome)两个词的杂合，意指proteins expressed by a genome，即“一个细胞、一个组织或一个个体基因组所表达的全部蛋白质”。 蛋白质组学(proteomics) 指应用各种技术手段来研究蛋白质组的一门新兴科学，其目的是从整体的角度分析细胞内动态变化的蛋白质组成成份、表达水平与修饰状态，了解蛋白质之间的相互作用与联系，揭示蛋白质功能与细胞生命活动规律。 蛋白质组学的分类 表达蛋白质组学 观察某种细胞或组织中蛋白质的整体表达，分析不同条件下蛋白质表达量的变化。例如分析生物体在不同发育时期、不同环境、疾病或药物处理下的蛋白质整体变化。 功能蛋白质组学 侧重于从全局的角度鉴定和分类蛋白质的功能活性和互作。通过分析蛋白质在亚细胞中的位置、蛋白质-蛋白质的相互作用及翻译后修饰等，明确蛋白质的生理功能。 结构蛋白质组学 侧重于在活性构象下研究蛋白质，描绘蛋白质或者蛋白质复合物的三维结构等。例如：但蛋白质与药物分子的互作等。 蛋白质组学研究发展 各国政府支持，国际著名研究和商业机构加盟： 1996年澳大利亚建立了世界上第一个蛋白质组研究中心（Australia Proteome Analysis Facility，APAF） 美国国立癌症研究院（NCI）投资1 000万美元建立肺、直肠、乳腺、卵巢肿瘤的蛋白质组数据库。 英国建立三个蛋白质组研究中心对已完成或即将完成全基因组测序的生物体进行蛋白质组研究。 我国也于1998年启动了蛋白质组学研究，在中科院上海生物化学研究所举办了多次全国性的蛋白质组学研讨会 科技部已将疾病蛋白质组研究列入我国“973”计划项目和“863”计划项目；国家自然科学基金委员会也将“蛋白质组研究”列为重点项目。 国际人类蛋白质组计划（HPP） 首批行动计划包括由中国科学家牵头的“人类肝脏蛋白质组计划”和美国科学家牵头的“人类血浆蛋白质组计划”。“ 第二节 蛋白质组学研究技术方法概述 蛋白质分离技术 蛋白质鉴定技术 数据库构建与搜索技术（生物信息学） 蛋白质相互作用分析技术(功能研究模式的研究方法，见第三节) Functional analysis State 1 State 2 2DE PMF MS/MS LC-MS/MS Database search Differential analysis ? 蛋白质分离前期－样品制备 样品制备的原则 1、抽提最大量的总蛋白，尽可能简单，减少步骤； 2、解除蛋白质之间相互作用，使所有待分析的蛋白都处于溶解状态，且制备方法具有可重现性； 3、防止蛋白质的化学修饰，包括蛋白质降解、蛋白酶或尿素热分解所引起的修饰等； 4、完全去除核酸、多糖脂类及干扰性蛋白等杂质。 样品制备的一般过程 细胞裂解（机械法和化学法等） 非蛋白物质的去除（核酸 脂和多糖 盐） 避免蛋白水解和降解 保持低温 变性剂 蛋白酶抑制剂 蛋白质溶解 离液剂(Chaotropes)：尿素，硫脲 表面活性剂(Suf