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基于蛋白质网络的复合体识别研究综述 　　摘 要：蛋白质复合体由多个蛋白质通过相互作用构成，是蛋白质执行其功能的主要形式。在细胞中很多重要的生物过程都是由蛋白质复合体参与执行的。因此准确识别蛋白质复合体对于理解蛋白质活动规律具有重要意义。利用计算方法从蛋白质网络中识别蛋白质复合体是目前生物信息学研究的主要方向之一。总结了近年来蛋白质复合体计算识别方法的研究工作，展望了需要进一步研究的方向。 　　关键词：蛋白质相互作用；蛋白质复合体；聚类；生物网络 　　中文图书分类号：TP391 文献标识号：A 文章编码：2095-2163（2015）03- 　　Sruvey on Detecting Complexes from Protein-protein Interaction Network 　　DAI Qiguo， GUO Maozu 　　（School of Computer Science and Technology， Harbin Institute of Technology， Harbin 150001， China） 　　Abstract： Protein complex consists of multiple proteins through physical interaction， which is the main form of protein to perform its biological function. Most important biological processes in the cell are performed by the protein complexes. Therefore， the accurate identification of protein complex is of great significance for understanding protein activity. Using the computational method to identify protein complexes from the protein network is one of the main directions of current bioinformatics research. This paper is to summarize related research work on computational method for the identification of protein complexes， and to discuss several directions of further research in the area. 　　Keywords： Protein-protein Interaction， Protein Complex， Clustering， Biological Network 　　0研究背景 　　蛋白质（protein）是构成细胞最主要的生物分子之一。蛋白质很少单独参与生命过程，而是通过不同蛋白质之间的物理相互作用形成大的分子结构――蛋白质复合体（protein complex）[1-2]。复合体是蛋白质执行其功能的主要形式，是完成细胞中重要活动的基本分子组成形式[1]。细胞中很多重要的生物过程都是由蛋白质复合体参与执行的。因此，开展蛋白质复合体相关识别等方面DE 研究，对于揭示蛋白质的活动规律十分重要。作为生物检测技术的补充，发展准确的蛋白质复合体计算识别方法是生物信息学目前研究热点问题之一。在过去的十几年，从蛋白质网络数据中识别复合体最是受到广泛关注[3- 4]。蛋白质相互作用网络（protein-protein interaction network，简称蛋白质网络）是描述细胞中两两蛋白质之间相互作用的一种生物网络[5-6]。从蛋白质网络识别复合体的基本假设是，网络具有模块性并且网络中的模块与蛋白质复合体有密切关系。蛋白质复合体一般是在网络中对应连接稠密的子图结构[5-7]。 　　1目前主要研究工作 　　通过挖掘蛋白质网络中特定模块结构是识别蛋白质复合体的一个重要研究方向。国内外研究人员提出了很多优秀的识别算法。依据算法特点的不同，现有基于蛋白质网络的复合体识别方法可大致分为：基于启发式的局部搜索方法、基于层次聚类的方法和基于连续全局优化的识别方法。此外，学者们还研究了蛋白质网络与基因表达数据的融合方法，以进一步提高复合体识别准确性。 　　1.1基于局部搜索的方法 　　基于启发式的局部搜索算法是从网络中蛋白质邻接关系出发，找到局部范围内的稠密子图。这类方法考虑了网络的局部拓扑关系，受到广