第一原理计算形成焓的快速如门法.pptVIP

形成焓 计算 快速入门法 1.安装 secure Shell Client 2.添加IP地址 在属性上点击高级选项。 在高级选项对话框添加一个IP地址 注意添加的IP地址不要和其他人的 IP地址发生冲突。 3.连接服务器 点击桌面上的SSH快捷方式 点击弹出来的界面Quick Connect 在弹出来的方框中输入相应的Host name Uers name 密码：111111 大家不要去改密码。。。。 4.在服务器上建立自己相应的目录 使用mkdir命令建立自己的目录 5.进入自己建立的目录。 使用cd命令进入刚刚建立的目录。 6.准备输入文件及PBS文件 红色方框中的文件代表基本输入文件，这些文件名是固定的，不能改变。 在红色方框下面得文件vasp.pbs文件是运行vasp软件的任务PBS文件。文件名可以随意 改变文件名，可以使用mv命令。如： mv vasp.pbs pengyibiao.pbs 查看当前目录下的文件使用ll 或者ls命令。 7.怎么取准备相应的输入文件和任务提交PBS文件 使用vi命令建立新的文件： 在键盘上敲入i开始编辑文件 按ESC键退出编辑状态 使用shift加：符号，确定是否保存，如保存输入wq，然后敲回车键。 如不需要保存输入去q!, 如果对文件没有任何改动输入q就可以了 注意：使用cat命令直接查看文件内容。 8.各个文件的内容 INCAR KPOINTS POSCAR 任务提交PBS文件 其中蓝色线条所指的部分可以根据计算任务的大小进行修改。 示列： #PBS -l nodes=1:ppn=2 可以修改为： #PBS -l nodes=2:ppn=1 #PBS -l nodes=3:ppn=2 #PBS -l nodes=1:ppn=5 #PBS -l nodes=2:ppn=4 等等…其余部分不要修改。 KPIONTS文件 在这里只需修改红线和蓝线部分的内容即可。 蓝线部分只有两种选择，即M和G。 对于hcp结构，采用G。 红线部分，有三个数字，分别对应POSCAR文件中的晶格常数，这三个数与POSCAR中的晶格常数的倒数成正比。当然不可能完全成正比，在尽量保持比列关系的条件下，取偶数。如10 8 6等。这三个数不要取得太大，也不能取得太小。太大计算时间就很长了，太小精度够。 如果采用G，使用奇数。 通常使用M INCAR 文件 INCAR文件是最重要的文件，里面有很多参数根据不同的计算需要进行相应的修改 大致可以分为两种情况，静态计算，弛豫计算。 弛豫计算 静态计算 POSCAR 文件 文件说明，随意 比列系数 a轴方向 b轴方向 c轴方向 这构成了相应化合物的晶体结构的 a b c三个轴，及相应的夹角。 具体元素的个数，这要和POTCAR文件中元素对应 4个A原子的坐标 3个B原子的坐标 采用的是分数坐标还是c坐标 建议使用分数坐标，用direct 怎么提取一个化合物的结构，从ICSD找到相应化合物的结构，以cif格式保存，然后用vesta软件打开，导出p1文件。在p1文件中会有具体的晶格参数和分数坐标。 POTCAR 文件 POTCAR 文件指赝势文件，是由各个基本元素的赝势文件组合而成的。 要和POSCAR中的元素顺序一一对应，文件很大。但不要自己去产生，只要去进行组合即可。 使用grep命令查看POTCAR文件 grep VRHFIN = POTCAR grep LEXCH = POTCAR grep TITEL = POTCAR grep ENMAX = POTCAR 指出POTCAR文件元素的顺序 91 PAW 最大最小的截断能为多少 在这里要注意使用GGA 还是PBE-GGA， 这里给出的只是GGA。 POTCAR-PBE 如果使用PBE-GGA，使用grep查看的结果是： 如果使用GGA，使用grep查看的结果是： 这就是使用PBE-GGA和GGA之间的区别，还有LDA，在这里就省略了。 建议使用PBE-GGA赝势。 在这里Examine 是用来检查的，它包含了几个grep命令的组合。因此使用Examine 来检查POTCAR文件。 产生POTCAR 这里有个一小的linux脚本文件，可以用来产生POTCAR文件： 只要修改红线部分中的元素就可以了，中间以空格隔开。 如何执行这个文件如产生POTCAR？？？？？？？？ 其中红线部分是文件名，sh是命令。 当生成POTCAR文件之后，最好用Examine去检查下POTCAR文件及POSCAR文件， 看两个文件的元素是否一一对应。以及使用的是GGA还是PBE-GGA 当所有文件准备好之后，查看你所要计算的任务所占内存的大小 用makeparam 然后根据使用的内存大小确定需要的cpu个数。 生成文件 其中红色方框