郜刚生物信息学-04-1-人类天书浏览器 案例.ppt

郜刚生物信息学讲义NCBI Map viewer 人类天书的浏览工具 Genome数据库 Genome数据库向全世界提供免费检索特定有机体基因组的遗传学、物理学图谱和序列数据．从而在生物信息学中占据重要位置。与其它基因组数据库比较．NCBI网站的Genome数据库具有图形功能强、检索系统全面、界面友好等特点。这里主要介绍该数据库的使用和检索 1. Genome基因组数据库的数据收录范围 该数据库收录了800多个有机体的基因组信息．这些基因组包括已经测定的有机体完整序列和正在测定中的序列。完全表达的主要有三个领域的生命体：细菌、藻类(原核生物)、真核生物。此外还有许多病毒和细胞器。 该数据库中收录了908个基因组信息，其中病毒557个。细菌112个。藻类13个。真核生物172个，类病毒20个．质粒34个；数据库包含1161条记录．其中615条病毒记录，细菌的30条基因组记录、165条质粒记录，真核生物的96条染色体记录、161条细胞器记录、20条质粒记录，原核生物的6条基因组记录和14条质粒记录。 2. Genome基因组数据库的主要功能 Genome数据库借助Entrez Map Viewer (图形显示器软件)。让用户观看数据库内特定有机体完整基因组的每一个染色体的集成图．以及染色体特定区域的序列数据。 使用Entrez Map Viewer．可以回答哪些问题？ [1]特定有机体的基因组中某基因处于什么位置?其侧翼有些什么标记? [2]特定染色体上有那些基因,怎样排列? [3]染色体R区上存在的基因，该区域对应的序列数据 [4]在染色体A和B点之间的区域。显示该区域细胞遗传学和序列图谱，以及排列在这些图上的标记 [5]两个基因之间的距离且多少?(注：标尺按照基因图谱类型规定) [6]已知某基因细胞遗传学〔遗传作图)位置，对比的物理(作图)位置是什么？ 其他功能： 提供基因组序列递交程序(submitting genome sequences)、 有机体目录(AIl Organisms)、 重要有机体(Prominem? Organisms)、 微生物基因组(Microbial genome)、 生物体分类系统(Taxonomy Tree)、 同源性对比程序(BLAST)、 项目表[List of project)、 蛋白质数据库比邻群(PDB neighbors)、 以及主要有机体基因组的链接。 相关的资源链接。如各种有机体种属的图谱、序列显示器(智人图谱显示器Homo sapiens Map Viewer、鼠图谱且示器Musmusculus Map Viewer)等。 Map viewer homepage 此处插播人类23对染色体的G带图谱 请看另一个PPT 2 基本入门指导 EST profiles show approximate gene expression patterns as inferred from EST counts and the cDNA library sources 以人类基因组图谱为例解释一些重要的信息： 两种NCBI图谱，Genes_cyto 和Genes_seq。 Genes_cyto 指细胞遗传学图谱， Genes_seq指序列图谱，点击任易一种链接将打开相应的图谱。 Genes_seq（基因序列）图谱中常见的描述是某个特定基因的内含子/外显子组成， 在基因符号旁的箭头（粉红色区域内）显示了基因转录的方向。 右侧的链接指向了有关此基因的附加信息。 这方面及其它NCBI图谱的详细介绍可通过/PMGifs/Genomes/humansearch.html .进行查找。 sv, 序列浏览，表明基因在基因组克隆重叠群（contig）上的位置，包括核酸和编码的蛋白质序列。 ev，证据浏览，显示了支持某特定基因模型的生物学证据。这个视图显示所有的标准序列模型（RefSeq）、基因库mRNAs（ GenBank mRNAs）、转录子（无论注解的、已知的或潜在的）及与基因组contig进行序列对齐比较的表达序列标签（ESTs）。证据浏览更多的信息可通过点击任意证据浏览页上的Evidence Viewer Help 链接进入NCBI网页查询。 hm，人-小鼠同源图谱的链接，显示人类和小鼠之间同源的基因组序列。 Seq，以文本格式重新获取某一区域的基因组序列 mm，Model Maker的链接，显示当GenBank mRNAs、ESTs及基因预测与基因组序列对齐比较时的外显子。 UniG_Hs图谱，显示已经与基因组进行序列比对的人类UniGene簇。 灰色的柱状图描述了比对的ESTs的数目， 蓝色线条显示了UniGene簇在基因组中的定位。 深蓝色线是进行序列对齐比较的区域