学习汇报总结-潘兴鑫.pptx

汇报总结 潘兴鑫学习日历7.16-7.18 perl语言入门7.19-7.22 鸟哥的私房菜linux基础学习篇7.25-7.28 课后思考题，回顾了一遍perl语言入门，鸟哥的私房菜linux基础学习篇7.29高通量测序技术简介，linux应用，单基因病研究介绍，单基因遗传病基因筛查7.31生物信息学linux集群基础知识，perl语言入门，动植物分子育种8.1 DNA文库构建，基因组组装，临床产品介绍，项目管理介绍.8.2基因组的注释，基因组进化，宏基因组方法学8.3不孕不育PGD相关方向，基于人类基因组重测序的基因变异鉴别8.4-8.5第二代测序信息处理8.6-8.8 Beginning Perl for Bioinformatics8.9 Mastering Perl for Bioinformatics8.10-8.12 RNA-seqPerl 语言入门鸟哥的私房菜linux基础学习篇第二代测序信息处理1.DNA测序简介DNA测序简史 测序克隆 第二代测序454 Illumina基因组分析仪ABI SOLiD Ion Torrent 双末端测序和末端配对测序2.测序信息学的历史早期的信息学方法FASTA算法 BLASTA算法Staden软件包Intelligenetics和Wisconain/GCG软件包 桌面版序列组装和编辑软件Phred/Phrap3.第二代测序数据的可视化数据格式（FASTA和FASTQ，ALN，BED，WIG，GFF3，SAM和BAM，Useq，SAMtools ）可视化软件（UCSC Genome Browser，Illlumina GenomeStudio，Mauve，newbler，IGV，GenomeView ）4.DNA序列比对动态规划算法 数据库搜索BLAST NGS read比对 基于BWT的比对软件5.用广义de Bruijn有向图算法组装基因组DNA片段组装 杂交测序de Bruijn有向图 用短read从头组装DNA用de Bruijn有向图和广义de Bruijn有向图进行基因组组装6.用短序列读段从头组装细菌基因组Velvet 组装结果的影响因素（插入长度，覆盖度期望值，k-mer长度）VelvetOptimiser ABySS 7.基因组注释简介 注释策略与方法（从头计算法，基于参考序列或功能的方法） 用Velvet和Oases程序从头组装转录组 用Trinity软件包从头组装转录组8.使用第二代测序技术检测序列变异简介 癌症特异性变异的发现MAQ BWA和SAMtools GATK SNVfinderBeginning Perl for Bioinformatics? Mutate DNA $mutant = mutate($DNA); srand(time|$$); Generate random DNA @random_DNA = make_random_DNA_set( $minimum_length,$maximum_length, $size_of_set ); Calculate average % identity between pairs of random DNA sequences $percent =matching_percentage($random_DNA[$k],$random_DNA[$i]); Translating Codons to Amino Acids Translate DNA into protein Read a FASTA file and extract the sequence data Read a DNA FASTA file, translate to protein, and format output Translate a DNA sequence in all six reading frames Translate IUB ambiguity codes to regular expressions REBASE Subroutine to parse a REBASE datafile key = restriction enzyme name value = whitespace-separated recognition site and regular expression Make restriction map from user queries 寻找酶表达式，定位 GenBank Files .gb LOCUS DEFINITION ACCESSION ORGANISM ORI