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浙江大学 硕士学位论文 PBSK浏览器：四种XML格式的生物通路数据展示工具 姓名：黄益灵 申请学位级别：硕士 专业：生物信息学 指导教师：陈铭  浙江大学硕士学位论文 摘要 摘要 格式，包括???格式、???格式、??格式和??格式等。这些格 式具有整合性能高、便于移植、计算机阅读简单等优点，在数据库整合、可视化 分析等多方面领域都有着重要的作用，但是同时也带来一个问题。由于它们是为 计算机处理所设计的格式，对于人工来说变得较难理解，这给一些需要进行人工 筛选的数据在处理上带来了麻烦。 据交回??并将数据以表格的形式展示。该浏览器提供两种显示模式：统计模 式主要用于文件的统计分析，而细节模式则展示详细信息，用户可以根据研究需 要进行选择。该浏览器利用树状图展示文件的数据结构，树状图中的每个分支都 包括了节点的详细信息，可以方便查看。同时该浏览器提供交集统计和内链跳转 功能，便于用户进行数据分析。  浙江大学硕士学位论文 ??? ? ? ??? ???瑃? ???? ?? ????，? ????? ????甌???? ??? ??? ??? ? ? ????? ????， ??? ? ?? ????? ?????? ???????????．???? ? ? ? ? ???? ? ? ????? ? ??． ? ????????? ????????? ?? ? ? ?? ? ???? ??????簊???? ?? ? ? ?? ? ??．??躡??? ?? ??? ? ???琣? ?? ?? ? ? ?? ??．??????瑃? ???? ?????  绪论 浙江大学硕士学位论文 ??课题背景 在过去的几十年中，生物学数据的增长速度已经远远超过人们的想象，究其 原因是因为生物技术的高速发展，尤其是高通量技术的出现与普及，包括生物芯  浙江大学硕士学位论文 绪论  浙江大学硕士学位论文 绪论 通过标签之间的联系便能够将数据分门别类地存储而又不失去原有的内在联系。 ??格式，这四种格式在数据存储上的用途各不相同。 【? 产生有关蛋白质相互作用的数据这个现状而产生的。用于验证蛋白与蛋白相互作 用的实验方法有很多，但是这些方法往往都是比较繁琐，因而每个实验室发现的 蛋白与蛋白相互作用的数据往往是零星的，很难有效地组合成大规模的网络。在 这种情况下，???提供了一些模板用于方便地存储诸如蛋白质结构、相互作用 的模式等与蛋白间相互作用密切相关的数据，对于任何蛋白质相互作用的数据都 能够很好地套用这个模板，将与这个作用相关的任何有用的信息都在??甅【格 式下存储起来。???格式使得生物信息学家无需担心数据的不兼容性，只要根 据事先定义的标签依次相关的信息便可将实验生成的蛋白相互作用数据整合成 规范化的网络，这使得集合各个实验室的实验数据来构建一个大型的互作网络变 得非常方便。 描述与该实验相关的信息，例如实验所用的方法、实验的条件、实验的材料来源  浙江大学硕士学位论文 绪论 等，分析人员可以依据这些信息对于数据的可信度作出评价。 ???格式 ???即?????????????????，顾名思义是一种用于生 关于生物通路的抽象概念与相互关系的展现。 ???格式是以???实体为基础，整合了一系列用于描述该实体的标 签，这些标签的定义相对比较抽象，只是给出了一个宏观的概念，例如所有参与 ?????????，而如果要 ???????，意即系统生物学标记语言。 ??可以描述代谢网络、细胞信号通路、调节网络、以及在系统生物学研究范  浙江大学硕士学位论文 绪论 畴中的其它系统【引。 ??比较侧重于生物模型的构建，使得系统生物学与数学紧密地结合起来， ??，即?? ???????的简称，是一种基于??数据库开发 主要是用于记录与代谢通路相关的各组件与组件之间的联系。 ??虽然也是用于通路数据的记录，但是其灵活性和移植性方面要比 ???来说差许多，不过因为其与??的结合比较好，在??中有记录的 代谢通路的数据均可以通过??的格式来存储，因此在代谢通路的研究领域， ??的作用非常明显。??冢?谋昵┫喽云渌鸛?来说比较简单，只是记录 与通路相关的反应物、酶等简单的数据，对于兼容性的考虑也比较低。??格 式的重点并不是在于与其他数据的兼容，而是对于??的数据的转化。?? 数据库的优点在于数据完整性高，同时也有其非常直观的可视化的通路展示。  浙江大学硕士学位论文 绪论 用，但是侧重点又各有不同???．?。 往往是用于网络结构分析与子网络分析。  ??相关数据库及工具分析 为了对??袷接谐浞值牧私猓?颐墙?恍┠芄恢С諼?格式的数据库进 数据库 数据库全称 支持语言格式