第4章序列特征分析课件.ppt

用SignalP（神经网络方法）分析P05019序列前导肽的结果 用PromoterScan预测AC002390序列的启动子区域的结果 五、密码子偏好性 密码子使用偏性是指生物体中编码同一种氨基酸的同义密码子的非均匀使用现象。这一现象的产生与诸多因素有关，如基因的表达水平、翻译起始效应、基因的碱基组分、某些二核苷酸的出现频率、G+C含量、基因的长度、tRNA的丰度、蛋白质的结构及密码子一反密码子间结合能的大小等。所以对密码子使用偏好性的分析具有重要的生物学意义。 利用CodonW分析密码子偏好性 CodonW是美国DEC公司开发的对密码子的使用进行分析的免费的软件工具。此软件是建立在大量的统计学分析的基础上，为了简化在线分析的复杂性而开发的，它可以在Windows环境下运行，并且可以同时处理2000条以上的序列。通过对DNA或RNA序列的分析，CodonW会产生关于密码子使用的相关指标的统计学分析的数据，我们可以利用这些数据对我们所要了解的序列进行分析。 其下载网址为：ftp://molbiol.ox.ac.uk/cu/codonW.tar.Z。 CodonW1.4主菜单的操作页面 11个密码子使用的指标 序 号 全 称 缩 写 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 Codon Adaptation Index Frequency of Optimal Codons Codon Bias Index The effective number of codons G+C content of the gene G+C content at 3rd position of synonymous codons Silent base composition Number of silent sites and amino acids Hydrophobicity of protein Aromaticity score CAI Fop CBI ENc G+C GC3s LSil LAA GRAVY Aromo waxy基因的序列 序 号 Genebank 登陆号 物 种 基因功能 1 2 3 4 5 6 7 AY094405 AF486514 X03935 X62134 X88789 U23945 X57233 Arabidopsis haliana Hordeum vulgare Zea mays O.sativa P.sativum Sorghum bicolor Wheat granule bound starch synthase I mRNA granule bound starch synthase I mRNA glucosyl transferase granule bound starch synthase I mRNA mRNA for starch synthase granule-bound starch synthase precursor (Wx)mRNA waxy mRNA for granule-bound starch synthase 用CodonW分析waxy基因所得的RSCU值 和 个数 第三节 蛋白质序列特征分析 Section 3 Analysis of Protein Sequence Characteristics 蛋白质是组成生物体的基本物质，是生命活动的主要承担者，一切生命活动都与蛋白质有关。虽然遗传信息的携带者是核酸，但遗传信息的传递和表达不仅要在酶的催化之下，并且也是在各种蛋白质的调节控制下进行的。因此，分析处理蛋白质序列数据的重要性并不亚于分析DNA序列数据。蛋白质的生物功能由蛋白质的结构所决定，因此在研究蛋白质的功能时需要了解蛋白质的空间结构。 目前，一种基本认可的假设是：蛋白质的空间结构由蛋白质序列所决定，即我们可以根据蛋白质序列预测蛋白质结构，这是第二遗传密码的问题，也是一个更为复杂的问题，因为蛋白质序列和蛋白质空间结构之间的关系要比DNA序列和蛋白质序列之间的关系复杂得多。因此我们需要分析大量的数据，从中找出蛋白质序列和蛋白质结构间存在的关系和规律。 一、蛋白质的理化性质 蛋白质是由氨基酸组成的大分子化合物，对组成蛋白质的氨基酸进行理化性质的统计分析是对一个未知蛋白质进行分析的基础。蛋白质的理化性质包括蛋白质的分子量、氨基酸的组成、等电点、消光系数、亲水性和疏水性、跨膜区、信号肽、翻译后修饰位点等。 利用ProtParam分析蛋白质的理化性质 ExPASy（Expert Protein Analysis System）是由瑞士生物信息学中心维护，并