R语言与Bioconductor生物信息学应用重点.ppt

《R语言与Bioconductor 生物信息学应用》 **************************************************************************************************** 《R语言在生物信息学中的应用》 《R语言在生物信息学中的应用》 本书的编写在国内国际都是一个创新 本书特色 从实际课题出发，提出解决这个问题的思路，结合用到的原理或基础知识，但更偏重整个解决问题的框架和流程，选用一种简单易学但功能强大的语言，把讲解延伸到具体程序代码，让读者100%经历整个课题研究过程。 最大的创新点是：实际课题直接来自已发表的SCI文章，全部都是真枪实弹，不杜撰所谓“实际应用”。国内外尚未见到与SCI文章紧密结合的生物信息书籍。 本书是多名R领域专家（全部都是一线科研工作者）通过互联网联手写作。在前期网上调研的基础上，尽量在本书内突出大多数人普遍关心而又难找相关资料的问题。 所见即所得，学到的知识可以通过简单编程（仅仅代码拷贝粘贴）加以实现，印象深刻，学了不会忘。提出三板斧学习法，让无基础的人也能编程。 本书作者通过QQ群直接面向读者答疑，并且共享了大量的参考资料和习题答案。使用正版书籍的读者都可以入群享受最好的服务。不在书中罗列基础知识凑字数，也不使用光盘，既能减轻读者负担，又能保护环境。 欢迎大家直接购买 天津科技翻译出版社 本书定价58元，群内读者预定45元（含邮费）；团购5本以上40元（含邮费）；50本35元（含邮费）； 如果大学指定为教材，我可以提供更多材料，长期合作，打造精品课程 支付方式：支付宝 支付宝账号： 531784197@ 孙瑜 留言：姓名+R语言书+册数 定书后，请将邮寄地址(一定要邮编)和电话发以上电子邮件 电子邮件题目是买R语言书，内容就是姓名+邮寄地址+电话 邮寄地址必须保证详细，而且有人签收， 详细目录 第一章 R基础知识 4 1.1 什么是R 4 1.1.1 R语言的起源 4 1.1.2 R语言的特点 5 1.1.3 R语言的主要用途 7 1.1.4 R语言的应用现状和发展趋势 10 1.2 R的下载与安装 12 1.2.1 主程序的下载与安装 12 1.2.2 扩展包的下载与安装 14 1.2.3 R语言的集成开发环境 16 1.2.4 R主程序和扩展包的管理与升级 19 1.3 R语言快速入门 21 1.3.1 从哪里入手开始学习R 21 1.3.2 三板斧搞定R语言 21 1.3.3 一个例子来说明三板斧 22 1.4 一些简单的语法知识 23 1.4.1 什么是编程 23 1.4.2 变量 23 1.4.3 函数 24 1.4.4 综合案例 25 1.5 本章源代码详解及小结 25 1.5.1 例1-1 25 1.5.2 例1-2 26 1.5.3 例1-3 27 1.5.4 例1-4 28 1.5.5 小结 30 参考文献： 31 详细目录 第二章 生物信息学基础知识 4 2.1中心法则-生物信息流 4 2.1.1 生物大分子 4 2.1.2 中心法则 7 2.1.3 基因组、转录组和蛋白质组 8 2.1.4 非编码RNA和microRNA 9 2.2测序与序列分析 10 2.2.1 DNA测序技术 10 2.2.2 第二代测序技术的应用领域 12 2.2.3 序列分析 13 2.2.4 序列比对和相似性搜索 14 2.2.5 分子进化和系统发生树 15 2.3基因表达分析 17 2.3.1基因表达的检测方法 17 2.3.2 基因表达数据分析 18 2.3.3基因表达差异的显著性分析 19 2.3.4基因本体论分析 20 2.3.5通路分析 22 2.4注释、统计与可视化 22 2.4.1 注释与ID映射 23 2.4.2 统计与可视化 23 参考文献： 24 详细目录 第三章 R在生物信息学中的简单应用 2 3.1 一个序列分析课题 2 3.1.1 课题背景 2 3.1.2 研究目的与实验设计 2 3.1.3 数据获取与处理流程 3 3.2 用R包（非bioconductor）实现课题 4 3.2.1 定义全部函数（例3-1） 4 3.2.2 课题实现 13 3.2.3 源代码详解与小结 16 3.3 用R包（bioconductor）实现课题一 21 3.3.1 重新设计数据处理流程和全部函数（例3-2） 21 3.3.2 课题实现 25 3.3.3源代码详解与小结 26 3.4 用R包（bioconductor）实现课题二 26 3.41 重新设计数据处理流