生物医学知识整合论（Ⅶ）.pdfVIP

医学信息2004年11月第17卷第11期 Medical Information．Nov．2004．Vo1．17．No．11 685 ●医学信息学 · 生物医学信息学· 生物医学知识整合论(VlI) 包含飞 (上海中医药大学中医学信息化一标准化研究室，上海 201203) 摘 要：本文再次讨论了生物医学知识整合论 (BMKI)提出的背景，意识性和物理性二大知识整合的关系，还讨论了BMKI 工程将涉及的一系列重要概念和问题：原物，知识框架及其整合，知识模型及其整合，机体的循环模型的时间同步 整合，高维空间和广义维度理论，广义的数字虚拟人体，并列举了知识框架和数字虚拟人体的各种类型。 关键词：知识框架；知识模型；广义空间；广义数字虚拟人体；生物医学知识整合论 1 令人陶醉的知识整合 究比以前冷得多(中医界也如此)，医学特别是临床医学一切 当前，生物医学分为两大相互分裂的山头，各占半壁江 又回归 “经验主义”。 山。一是基础医学 (包括生物学)，主要以分子和细胞为研究 生物医学知识整合论 (The Theory df Biomedical 对象，形成了基础医学体系；另一个山头是临床医学体系，主 Knowledge Integration，BMKI)[卜14 正在尝试一种新思路， 要以病人整体为研究对象。二者在物理层次的语义上目前是 它不再以一般系统论基本原理出发(虽然这些原理始终是正 不可相通的，彼此相隔千里之遥。因为前者的研究对象的大 确的，但它在生物医学领域中的可操作性比 “三个和尚”的 小几乎是后者研究对象的 “天文数字”分之一。例如有人估 原理强不了多少)，而是从机体的分子的 (分子群体的)，细 计，人类大脑是由一百四十亿个细胞构成的，有多少分子组 胞的 (细胞群体的)，组织的 (复合组织的)，器官的 (复合 成就无法说清了。我们常说 “一个和尚挑水吃，二个和尚抬 器官的)，系统的(系统之间协调的)和整体的具体物理规律 水吃，三个和尚没水吃。”那么，这“一百四十亿个和尚在同 出发，试图从中提出生物医学对象自身的属于信息学或系统 一 个庙里”究竟会是什么样呢?问题很清楚，即使完全了解 学的成分，提取自身的整合规律。BMKI遵循一个信念，“生 神经元的属性，也无法推导出大脑的思维规律，因为单个细 物医学系统的物理运动和整合规律是生物医学知识整合论 胞的行为和规律不等于 “一百四十亿个”细胞共同的行为和 的导师”，所以BMKI不遗余力地从整合的视角探索机体各 规律。 种生物机制的信息学特点 道理很简单，当我们面对形形色 这两个山头的沟通目前实际上靠人类的联想 (粗糙地) 色的电子病历的数据时，对生物医学自身的非常特殊的信息 整合起来。联想在下文被归类为一种以概念为节点，以非充 学规律缺乏深刻的理解将会严重限制我们对这些数据的理 分的语义为连接的知识整合。是一种非严密的意识行为，并 解。对数据的行为和规律起决定作用的是它们所反映的物理 非物理意义下的严密的知识整合。把两个山头在较严密的物 对象，而不是某一门数学原理。所以BMKI非常重视对具体 理意义下联系 (整合)起来 (如整合微观和宏观的数字虚拟 生物医学机制的研究，但人们将会看到BMKI是在以独特的 人体)的努力，人类正在勇敢地跨出第一步。 视点和方法展开的，与经典的生物医学和经典的信息学均有 这是一个令人陶醉、引人人胜的探索方向。上世纪8O年 相当不同。 代和90年代初，生物医学界对一般系统论曾寄予厚望，认为 所以，假如对生物医学及其知识的系统化、整合化研究 “整体大于部分之和”等哲理和由此激发的相关新学科能帮 存在着两个方向：①从一般系统论或信息学的一般原理出发 助我们突破生命系统的