生物医学知识整合论（二）.pdfVIP

410·|字__2003年8月一16 nm 8一 生物医学信息学◆ 生物医学知识整合论(二) 包含飞 上海中医药大学中医学信息化一标准化研究室 (上海 2ooo32) 摘 要 本文进一步阐明生物医学知识整合 (BMKI)理论的意义，并提出生物医学知识整合的一种基本原则——求供覆盖 原则，并以心脏泵血循环为例说明了这一原则。文章的第三部分以UMLS的语义网络为例初步讨论了知识的二重性 即物理性和意识性，又讨论了它们对BMKI的可能影响。 关键词 生物医学知识整合 UMLS 生物医学信息学 在生物医学信息学领域中，我们可以看到大量令人钦佩 们在整体上对机体的理解，这就是BMKI的根本任务。 的和催人奋进的关于医学数据、信息和知识的表达、存储、提 取、处理和应用的研究和开发 。笔者的信念是 “浩如烟海 的生物医学的数据、信息、知识及由它们组成的形形色色的 学科分支既然来自于同一个故乡——不可分割的机体，它们 最终都将“回归故里”，重新整合成为不可分割的(当然是虚 拟的)机体。”因此生物医学知识整合(Biomedical Knowledge Integration，BMKI)[2 12；是一切生物医学逻辑的自然归结． 也是生物医学学科的大联合、大结合的一种探索，其最终目 的是求出机体各部分 (正常的、异常的、同质的、异质的)模 型的总和。BMKI也是当前生物医学信息学研究热点 “数字 虚拟人体”工程 卜16 的一种必不可少的基础研究。很难想象 可以跳越BMKI这一基础研究来谈论任何类型的“数字虚拟 人体”工程。讲到底，“数字虚拟人体”工程就是知识整合工 程。无论是虚拟解剖人、虚拟生化人、虚拟药理人、虚拟生 理人，还是虚拟心理人，乃至虚拟 “天才人”，概莫能外。当 然要达此目标，不可能离开对各种各样的异质的生物医学数 据、信息和知识的信息学性质的艰苦深入的研究。 1 盲人摸I|I新说 一 个为大家所熟悉的寓言说有五个盲人摸索一头大象， 盲人一摸到大象的鼻子，就声称“大象如一根管子”，盲人二 根据大象的尾巴，说 “大象如一根绳子”，盲人三、四、五各 D 自摸到大象腿、躯体和耳朵，就分别认为大象酷似 “柱子”、 “墙”、“扇子”。此说一直被人们作为讽刺以局代整、以偏盖 全的典型笑料。但事物总是不断进步的，后来盲人们掌握了 “整合理论”，他们不再坚持一己之见，而是用附属关系和空 问分布关系来整合他们五人所获得的信息。整合的结果是： 大象的 “中心为一堵墙，墙的前面附着管子和扇子，下面附 着柱子，墙的后面附着绳子”(见图1)。利用信息整合技术， 我们的盲人小组获得了巨大进步。虽然他们各自所拥有的信 图1 A为在应用整合理论以前盲人们心目中的大I|I 息丝毫没有增加，但他们所构建的大象模型向真实的大象逼 B为在应用整合理论以后盲人们心目中的大I|I 近了一大步。借此笔者希望阐明生物医学知识整合论的意 2 求供覆盖——整合的一种基本原则 义：虽然研究者的观测视点、观测方法、处理观测结果的技 泛系理论 指出了事物之间的供求索交原则，这是关系 术千差万别，但所有的生物学、医学及生物医学信息学的研 复合的一种基本机制。任何事物及其运动都可以解析为关系 究和开发都是环绕着机体这同一目标，他们的结果之问必然 的复合。但任何关系的成立或实现都需要一定的或明或暗的 存在内在的联系。深入探讨、挖掘、建立这些联系有助于我 条件或环境保证。为保证关系实现的可行性，这些条件或环 一 — 1—弧■；l _T 唧 圈町_ ’。 ●生物医学信息学 |Ill 2003年811116ll81·411 境必须是充分的，为保证其经济性以减少资源浪费，它们又 复杂，而且它们之中的绝大多数细节至今尚未霸明，对机体 应该是必要的。任何关系均如此，无一例外。现在我们来看 的各种物理机制象钟表一样了如指掌几乎不可能。所幸的是 一 对关系序偶，如果前关系实现的结果可以充分满足