利用RNA-Seq技术对三个甜菊基因型进行基因鉴定和转录表达谱分析.docVIP

利用RNA-Seq技术对三个甜菊基因型进行基因鉴定 和转录表达谱分析 陈郡雯 侯凯 钦鹏 刘红昌 易斌 杨文婷 吴卫* 【摘要】甜菊是一种重要的能产生二萜类甜菊糖苷的有医疗价值的植物。甜菊糖苷因具有0卡路里和甜味是蔗糖约300倍的特点，常用于药品和食品行业等。尽管近来在甜菊糖苷生物合成研究上取得了一定进展，但关于这一过程的分子机制几乎未见报道。此外，作为非模式植物的甜菊的基因组信息也是未知，而新一代测序技术RNA-Seq为甜菊基因的进一步研究提供了很好机会。本文利用RNA-Seq技术对三个糖苷组成差异较大的甜菊基因型进行了转录组测序，共产生了191,590,282个高质量的reads，被拼接成平均长度为969个碱基的171,837个转录本，并注释了80,160个unigenes，通过KEGG将14,211个独特的序列划归到特殊代谢途径，还检测到所有已知的与甜菊糖苷生物合成有关的酶的基因，共鉴定到143个UDP-葡萄糖基转移酶基因，一些可能与甜菊糖苷生物合成有关，本文还对甜菊糖苷代谢途径中的8个基因采用RT-PCR进行了验证。由此，RNA-Seq技术可用于鉴定没有参考基因组的非模式植物甜菊的糖苷生物合成途【摘要】作为川贝母药材的主要活性成分甾体类生物碱，对人体具有多种药理活性。本试图确是否可从新鲜瓦布贝母鳞茎中分离产生与其宿主相同或相似的一种或多种生物碱内生真菌。试验采用四种经典试剂包括Wanger’s，碘化秘钾试剂，Mayer’s和改良Dragendorff’s进行初筛，进一步应用薄层（TLC）和高效液相色谱-蒸发光散射检测器（HPLC-ELSD）对初筛的菌株发酵产物进行检测。结果显示来自菌株WBS007的提取物在初筛有阳性反应，进一步的TLC和HPLC-ELSD检测表明，WBS007有2个成分分别与标准品贝母辛和贝母乙素有同样的迁移率（Rf）保留时间，通过显微观察和ITS序列分析鉴定该菌株为Fusarium sp.。本试验表明菌株WBS007可产生与其宿主相同的活性成分贝母辛和贝母乙素，可望用于贝母辛和贝母乙素的发酵生产。【摘要】本文采用PCR的方法从红花中克隆了一个命名为CtFAD2-1的编码△-12脂肪酸脱氢酶的cDNA序列。分析其推导的氨基酸序列发现，其含有所有膜结合的脱氢酶特性，即3个组氨酸保守区和一个C-端内质网滞留信号。系统发育分析表明，CtFAD2-1与其他植物中在发育种子中高表达或特异性表达的FAD2基因聚在一起，通过酵母中的功能表达试验证实了其编码微体脂肪酸脱氢酶，主要负责将油酸变成亚油酸。表达谱分析表明其是组成型表达，在发育的种子中表达量最高。从高油酸含量红花中也克隆到脂肪酸脱氢酶基因CtFAD2-1’，比较CtFAD2-1和CtFAD2-1’编码区序列，发现CtFAD2-1’在起始密码子后+603 bp处存在1个碱基(胞嘧啶)的缺失，从而造成移码突变，使翻译提前终止。转录分析表明，在红花种子发育过程中，高油酸含量的基因型中的CtFAD2-1’表达水平显著低于正常的亚油酸含量高的基因型中相应基因的表达水平。试验结果表明，CtFAD2-1’基因序列的改变导致了红花高油酸基因型中△-12脂肪酸脱氢酶的失活以及低转录表达。同种植物中分离得到FAD2数目最多【摘要】内质网相关的脂肪酸脱氢酶FAD2是植物中亚油酸合成的关键酶。在红花中，一个种子特异性的FAD2基因（CtFAD2-1）已经被克隆。本研究利用基于相似性原理采用PCR技术从红花中克隆了两个编码微体cDNA序列，分别命名为CtFAD2-2和CtFAD2-3。氨基酸序列分析表明，它们均有3个富含组氨酸的保守结构域和C-端内质网滞留信号。系统进化树分析表明，CtFAD2-2与来自其他油料作物的组成型FAD2基因序列聚在一起，而CtFAD2-3不属于种子特异表达型或组成型FAD2基因。实时定量PCR分析显示CtFAD2-2基因在营养器官和发育的种子中均可表达，且在根、茎和叶柄中有较高表达，CtFAD2-3在发育中的种子中高表达，在营养器官中低表达。低温下，CtFAD2-2和CtFAD2-3在不同组织中显示出不同的表达谱，其中CtFAD2-2在根、茎和叶柄表达量急剧下降，而CtFAD2-3在这些组织中表达量显著上升。相反地，低温下叶片中的CtFAD2-2表达量显著上升，而CtFAD2-3表达量略有下降。【摘要】鱼腥草药食兼用，有关其对钾供给反应的信息非常有限。本试验在各种供钾水平的培养基上培养鱼腥草无菌苗一个月，检测其生长有关的指标，以及叶片钾含量，水分和叶绿素含量，光合和蒸腾参数、H2O2含量以及抗氧化酶活性等。结果表明，1.28mM的钾对鱼腥草有利，其干重、株高、根长、根数的测定值最高。试验结果还表明，理想的钾浓度下光合速率最大可能与叶绿素含量最高，而