基因芯片与高通量DNA测序技术前景分析.pdfVIP

中国科学 C 辑 :生命科学 2008 年 第 38 卷 第 10 期 : 891 ~ 899 SCIENCE IN CHINA PRESS 基因芯片与高通量DNA 测序技术前景分析 ① ①②* 滕晓坤 , 肖华胜 ① 生物芯片上海国家工程研究中心, 上海 201203; ② 国家人类基因组南方研究中心, 上海市-科技部共建疾病与健康基因组学重点实验室, 上海 201203 * 联系人, E-mail: huasheng_xiao@ 收稿日期: 2008-10-03; 接受日期: 2008-10-08 国家高技术研究发展计划(批准号: 2006AA020704)和上海市科学技术委员会(批准号: 05DZ22201)资助项目 摘要 基因芯片与第二代 DNA 测序是两种重要的高通量基因组学研究技术, 对 关键词 于揭示基因组的结构与功能已经并正在发挥重要的推动作用. 基因芯片技术建立 基因芯片 了10 多年, 技术日渐成熟, 在功能基因组、系统生物学、药物基因组的研究中已经 第二代高通量测序技术 得到了广泛的应用. 2003 年, 454 公司首先建立了高通量的第二代测序技术, 其他公 基因组 司相继推出了Solexa 和Solid 测序技术. 虽然第二代测序技术建立的时间不长, 但发 展非常快, 已经应用于基因组, 包括测序和表观基因组学以及功能基因组学研究的 许多方面. 本文简要综述了基因芯片和第二代测序技术及其应用进展, 并分析了这 两种高通量基因组学技术的前景. 20 世纪 80 年代启动的由多个国家参加的人类基 和功能的两种比较重要的技术, 推动了功能基因组 因组计划, 被称为是继曼哈顿原子计划、阿波罗登月 和系统生物学研究的发展. 本文简要介绍了这两种 计划之后的第三大科学计划, 这个计划的完成对人类 技术和应用, 并对这两种技术在生命科学中的应用 认识自身, 提高健康水平, 推动生命科学、医学、生 前景进行了分析. 物技术、制药业、农业等的发展具有极其重要的意义. 1 基因芯片技术及其发展 2000 年 6 月 26 日由美国、英国、法国、德国、日本 [1] 和中国科学家同时向世界宣布人类基因组工作草图 生物芯片的概念由Fodor等人在 1991 年提出 , 已基本完成, 2002 年 2 月又公布了“精细图”. 这是基 是指能够快速并行处理多个样品并对其所包含的各 因组学研究领域的一个里程碑式的工作. 随着人类 种生物信息进行解剖的微型器件, 它的加工运用了 基因组计划的实施, 也推动了模式生物基因组的测 微电子工业和微机电系统加工中所采用的一些方法, 序, 在这期间还完成了大鼠、小鼠、水稻等物种的测 只是由于其所处理和分析的对象是生物样品, 所以 序. 众多物种的基因组序列被解开, 大量的基因通过 叫生物芯片(Biochip). 基因组测序被识别, 接下来的工作是要对这些基因 在生物芯片技术中, 基因芯片技术建立最早, 也 的结构、功能、表达和分布进行深入的研究, 急需高 最为成熟. 基因芯片, 又称DNA微阵列(DNA micro- 通量、大规模的分析手段和方法来解决这些需求. 20 array), 是把大量已知序列探针集成在同一个基片(如 世纪 90 年代建立