山东地方鸡种遗传距离与聚类分析方法比较研究.pdfVIP

畜牧兽 医学报 ，2004．35(1)，33—36 Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica 山东地方鸡种遗传距离与聚类分析方法比较研究 陈红菊 ，岳永生 ，樊新忠 ，张传生 ，杜立新 ， (1．山东农业大学动物科技学院，泰安 271018；2．中国农业科学院畜牧研究所，北京 100094) 摘 要：选用 5个多态性较好的微卫星标记，检测了山东省仅存的 5个地方鸡种：寿光鸡、日照麻鸡、莱芜黑鸡、济 宁百 日鸡、鲁西斗鸡，以及一个外来鸡种——安卡黄鸡和一个外省地方鸡种——广西黄鸡共 7个鸡种的遗传多样 性。根据测试结果计算了每个等位基因的频率，并以基因频率为基础计算了 Nei氏标准遗传距离(Ds)和 DA遗传 距离，发现日照麻鸡与济宁百日鸡的距离最近，而鲁西斗鸡与其他 6个鸡种距离都较远。根据两种遗传距离分别 进行了NJ法和 UPGMA法聚类 ，得到 4个聚类图。结果表明：DA遗传距离的 UPGMA聚类图比较可靠。 关键词：地方鸡种；遗传距离；聚类分析 中图分类号：Q831．2 文献标识码 ：A 文章编号 ：0366—6964(2004)叭 一0033—04 遗传距离是指不同的种群或种之间的基因差异 的程度，并且以某种数值进行度量，通常由基因频率 的某个函数所确定。准确理解遗传距离的概念和在 不同的情况下选择合适的度量方式是很重要的。一 般认为群体分化时间越短，遗传距离越小。遗传距 离的理想测度应能够表达这样的含义：基因之间的 差异与它们起源于共同祖先 的时间成 比例。测定遗 传距离的方法有许多种_5， l8 J。哪种遗传距离测定 方法对分析品种遗传变异最好并无定论，不同的遗 传距离得出的系统发生树不同。本文根据两种遗传 距 离分 别进 行 了 NJ法 和 UPGMA法 聚类，并 用 bootstrap重抽样技术对各系统发生树的可靠性进行 检验 l 材料与方法 1．1 试验动物及来源 日照麻鸡(50只)、广西黄鸡(40只)、安卡黄鸡 (40只)血样均采 自聊城嘉明公 司；寿光鸡 (100只) 血样分别采 自嘉 明公司和寿光慈伦种鸡场 ；济宁百 日鸡(50只)血样采自济宁地区邹城县原种鸡场；鲁 西斗鸡 (57只)血样采 自荷 泽地 区鄄城县斗鸡场。 莱芜黑鸡(5o只)血样采 自莱芜黑鸡育种 中心。 收稿日期：2002—12—31 基金项 目：山东省农业 良种产业化开发 畜牧项 目(Animal Husbandrv Pr~ect of Fine—Breed Development and Application in Shandtmg Province) 作者简介：陈红菊(1972一)，女，河北任丘人，硕士，讲师，从事动物遗 传资源研究。 通讯作者：杜立新 ，男 ，博士导师 ，教授。E—mail：lxdu@263 net 1．2 鸡血液 DNA标本 鸡翅下静脉采血 1 mL，ACD抗凝 ，用常规的酚 ／氯仿法提取 DNA，溶于 TE 1I(pH8．0)中，待溶解 后用 0．8％琼脂糖凝胶电泳检测 DNA的质量。置 于 4℃冰箱保存备用。 1．3 PCR反应体系 微卫星位点引物序列查 自OenBank，委托上海 生工生物技术服务有限公司合成。PCR反应体系 及条件根据资料略有改进。取 2～8 L扩增产物进 行 l2％聚丙烯酰胺凝胶电泳 ，硝酸银染色。 1．4 数据分析 凝胶上 PCR扩增产物的分子片段 长度采用 2 ×3点法(里德伍克等，1989)确定。根据等位基因 频率计算各群体的平均杂合度及群体间遗传距离， 方法如下 ： 1．4．1 遗传距离 Nei氏标准遗传距离[ ]： D=一In[∑x／y ／∑z；·∑ ] 其中：zi、 分别为z、 两个群体第i个等位基 因的频率 DA遗传距离：DA=1一(∑∑ v~ijYij)／r 其中： z Yij分别为等位基因频率；r为微卫星的位点数 1．4．2 聚类分析 根据微卫星多态性的标准遗传 距离及 DA遗传距离运用 DISPAN软件的UPGMA 与 NJ法对 7个品种进行聚类，共得到 4个聚类图。 2 结果与分析 2．1 品种间遗传距离 本试验分别用DISPAN软件计算 了品种间的 34 畜 牧 兽 医 学 报 35卷 Nei氏标准遗传距离 Ds和 DA遗传距离，见表 1、表 2。从 I)S遗传距离图上可看出：日照麻鸡与济宁百 日鸡的距离最近：0．0069；其次是与广西黄鸡的距 离，为 0．0080。从总体水平看，日照麻鸡、济宁百 日 鸡与其他鸡种(除鲁西斗鸡外)距离均较小。鲁西斗 鸡与其他鸡种距离都比较远，最远的是与寿光鸡，距 离是0．0715；其次是与安卡黄鸡和广西黄鸡，分别 为 0．0701、0．0659。 表 1 各