丰度加权法分析冬虫夏草RAPD多态性高度差异及动态变化.pdfVIP

北京大学学报(医学版) .618. JOURNAL OF PEKING UNIVERSITY (HEALTH SCIENCES) Vol. 46 No.4 Aug. 2014 丰度加权法分析冬虫夏草 RAPD 多态性高度 差异及动态变化 姚艺桑l ，高 凌l ，李玉玲2 ，马少丽2 ，吴子嫩l ，谈宁芝1 ，吴建勇气倪陆群4 ，朱佳石 3 ，56 ·论著· ( 1 美国如新华茂公司北京临床药理研究中心，北京 100088; 2. 青海省畜牧兽医科学院草原研究所，西宁 810016; 3. 香港理工大学应用生物学和化学科技系，香港; 4. Department of Mechanical and Aerospace Engineering , University of Califomia San Diego , La Jolla , CA 92093 , USA; 5. NS Center for Anti-Aging Research , Provo , UT 84601 , USA) [摘 要]曲曲曲:检测在冬虫夏草僵虫体、子座和子囊果部位多菌共存和差异表达导致的随机扩增多态性 DNA ( random amplified polymorphic DNA , RAPD)分子标记多态性及其在冬虫夏草成熟过程中的动态变化。方放:采用模 糊、整体性 RAPD 分子标记多态性研究法，选用 20 条随机引物，应用 ZUNIX 丰度加权相似度公式和丰度加权聚类 法，比对冬虫夏草 3 个成熟期僵虫体、子座和子囊果部位 RAPD 分子标记多态性，以及与中国被毛抱的差异。馆 J事:丰度非加权算法忽略了 RAPD 共有扩增子的丰度差异，而丰度加权 ZUNIX 相似度算法和聚类法，将扩增子的丰 度差异及其在冬虫夏草成熟过程中的动态变化所蕴含的全部菌物分子信息汇入分析，准确获取样本间相似度和构 建聚类图。冬虫夏草全部样本的总相似度为 0.42 ，小于总相异度 0.58 0 3 个成熟期子座样本的相似度为 0.57 ，僵 虫体为 0.50。同株冬虫夏草的子座和僵虫体样本的相似度随着成熟过程出现低→高→低的变化。子囊果部位与 成熟子座的相似度最高(0.87) ， y[入一个聚类分校;未成熟子座和僵虫体聚为另一分枝;这两个分校聚为一群O 而 成熟中子座和僵虫体聚为一个分枝，与成熟僵虫体聚为另一群。中国被毛抱与冬虫夏草样本的相似度为 0.55 - 0.69 ，与冬虫夏草聚类群之间被外群对照蜗虫草拟青霉分隔。#告伶:冬虫夏草各部位的 RAPD 分子标记多态性丰 富，随着冬虫夏草的成熟而变化;冬虫夏革与中国被毛抱的 RAPD 多态性存在巨大差异，支持冬虫夏草是多菌和多 种突变基因型菌共生的统一微生态系统的学说，不支持冬虫夏草是一种真菌和中国被毛抱是冬虫夏草的无性 世代的学说。 [关键词]冬虫夏草;随机扩增多态 DNA 技术;丰度加权算法;生物学标记 [中图分类号] R282.71 [文献标志码] A [文章编号] 1671-167X( 2014 )04-0618-11 doi: 10. 3969/j. issn. 1671-167X. 2014. 04. 027 Amplicon density-weighted algorithms for analyzing dissimilarity and dynamic altera- tions of RAPD polymorphisms of Co呻ceps sinensis YAO Yi-sang , GAO Ling , 11 Yu-ling2 , MA Shao-le , WU Zi-mei , TAN Ning-zhi , WU Jian-yon矿， NI Lu叮un4 ， ZHU Jia_shi 3 ,56 (1. Pharmanex Beijing Clinical Pharmacology Center , Beijing 1α则邸， China; 2. Institute of Grassland Research , Qinghai Academy of Animal Husbandry and Veterinary Science , Xining 100088 , China; 3. Department of Applied Biology and Chemistry Technology , Hong Kong Polytechnic University , Hong Kong; 4. Department of Mechanical and Aerospace Engi- neering , University of Califomia San Diego