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第3章：蛋白质和蛋白质组学研究技术 奶汁是所有哺乳动物的营养源。奶汁含有不同蛋白质。用MALDI-TOF质谱技术研究奶汁的蛋白质组成，依靠它们的质量/电荷比将奶汁蛋白质各组分分开。 几乎在所有的生物过程中，蛋白质都起关键作用。蛋白质参与生物反应的催化、细胞信号传递、和生物结构支持等。它执行各种各样生物功能的基础是生物体内有成千上万种蛋白质，每种蛋白质度能折叠成独特的三维结构，从而与一种或几种分子相互作用。生物化学的主要目标之一是确定氨基酸序列如何决定蛋白质构型，从而决定蛋白质功能。生物化学的其它目标是了解各种蛋白质与底物或其他分子结合进而介导催化、能量和信息转导的机制。 这些研究的第一个工作常常是对目标蛋白进行纯化。根据蛋白质溶解度、大小、电荷、和结合能力上的差异进行蛋白质分离。纯化蛋白可以用来测定氨基酸序列。自动多肽测序和重组DNA技术提供了大量的氨基酸序列数据（你可以在公共数据库上查询、下载相关蛋白质的氨基酸序列）。有很多蛋白质序列是从基因组序列推测的。如果纯化蛋白质序列已经列在数据库中，研究工作就比较容易做。你只要测定一小段肽序，与数据库进行比较即可。另外也可以进行分子质量比对，看看与数据库推测的质量是否吻合。质谱是确定蛋白质质量的有效技术。 为了了解一个蛋白质的生理学背景，有必要制备出该蛋白质的抗体。利用抗体确定蛋白质在活体内的位置、测定其含量。可以大量制备能够确定特异蛋白质的单克隆抗体。这些抗体能够用于检测分离状态的蛋白质和存在于细胞状态下的蛋白质，并进行蛋白质定量。可以用化学方法合成多肽和蛋白质，这样制造的蛋白质可用于研究，也可满足高纯度药用蛋白的需求。最后，x-射线晶体衍射技术和NMR谱是现在阐明蛋白质三维结构的主要技术。而蛋白质三维结构是决定蛋白质功能的关键因素。 用一系列生理和化学技术对蛋白质进行的研究极大地促进了我们对生命分子基础的了解。这些技术的应用使我们有可能在分子水平上攻克挑战性最大的生物学问题。 蛋白质组是基因组的功能表达形式 有很多生物的全基因组序列已经阐明。例如，蛔虫（Caenorhabiditis elegans）的基因组有9700万碱基对，编码19000种蛋白质；果蝇基因组有1亿8千万碱基对，编码14000种蛋白质。人的全基因组序列有30亿碱基对，编码25000种蛋白质。但是这些基因组序列就像一个汽车的零配件清单——不能提供各个零配件所在位置以及各零配件所起的作用。于是就产生了一个新领域，即蛋白质组，能够提供相应的功能信息。蛋白质组包括功能蛋白质种类、功能、以及蛋白质之间的相互作用。 蛋白质组就是基因组表达的蛋白质群。在特定的生物背景下，生物体内实际的蛋白质清单比基因组提供的清单内容小得多，即只有一部分基因表达。蛋白质组能告诉我们哪蛋白质在发挥作用——如哪些蛋白质相互作用、形成信号传导途径或膜上离子通道。蛋白质组不是细胞固定的特征。由于蛋白质组是信息的功能表达形式，因此不同类型的细胞、同一类型不同发育状态的细胞、记忆处于不同环境的同一类型细胞将有不同的蛋白质组。由于生物能用不同方式进行修饰几乎所有的基因产物蛋白质，因此蛋白质组比基因组大得多。而且蛋白质组的蛋白质都不是以隔离状态存在的，而是与其它蛋白质相互作用来执行特定的生物功能。与基因组不同，蛋白质组不是静态的。 对蛋白质进行研究、鉴定、归类，从而了解蛋白质组。在有些情况下（但不是在所有情况下），这类研究最开始是要从细胞中分离出特定蛋白质。 4.1 研究蛋白质功能的第一步是蛋白质纯化 生物化学有个谚语：“别在不纯的蛋白质上浪费完美的思路。”用纯化的蛋白质我们能够确定蛋白质的氨基酸序列，研究蛋白质的生物化学功能。根据氨基酸序列，我们能够绘制不同物种同一蛋白质的进化关系图（第六章）。纯化蛋白质能够生长出蛋白质晶体。我们用蛋白质晶体能够进行x-射线衍射、从而确定蛋白质的空间结构，这种空间结构又与蛋白质功能密切相关。 如何判断哪个蛋白质就是我们所需要的蛋白质？-检测 纯化的目的是获得只有一种蛋白质（我们感兴趣的）的样品。该蛋白也许只有起始原料的1%，而起始原料是培养细胞或植物特定器官所有蛋白质的混合物。生化工作者如何从复杂的蛋白质混合物种分离出特定的蛋白质呢？ 生化工作者做检测，即检查样品是否具有目标蛋白独特的性质。检测阳性表示样品有目标蛋白。确定检测的有效性常常很困难，但是检测的性质愈特异，纯化方案逾有效。例如酶的检测就是测定酶的催化活性——即酶促进特定生化反应的能力。酶活性检测常常是间接测定。乳酸脱氢酶催化下列反应： 还原的烟碱腺苷二磷酸（NADH）在340nm有吸收峰，但氧化型NAD+在340nm没有吸收峰。因此我们能根据一定时间内（如1分钟）反应在所产生的光吸收量判断样品的酶量。如果乳酸脱氢酶纯化过程中，样