ENZO A Web Tool for Derivation and Evaluation of Kinetic Models of Enzyme Catalyzed Reactions 英文参考文献.docVIP

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2017-05-11 发布于上海
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ENZO A Web Tool for Derivation and Evaluation of Kinetic Models of Enzyme Catalyzed Reactions 英文参考文献

ENZO:AWebToolforDerivationandEvaluationof KineticModelsofEnzymeCatalyzedReactions Stasˇ Bevc1,2,JanezKonc1,JureStojan3,MilanHodosˇcˇek1,MatejPenca1,MatejPraprotnik1,Dusˇanka Janezˇicˇ1,2 * 1NationalInstituteofChemistry,Ljubljana,Slovenia,2UniversityofPrimorska,FacultyofMathematics,NaturalSciencesandInformationTechnologies,Koper,Slovenia, 3UniversityofLjubljana,MedicalFaculty,Ljubljana,Slovenia Abstract We describe a web tool ENZO (Enzyme Kinetics), a graphical interface for building kinetic models of enzyme catalyzed reactions. ENZO automatically generates the corresponding differential equations from a stipulated enzyme reaction scheme. These differential equations are processed by a numerical solver and a regression algorithm which fits the coefficientsofdifferentialequationstoexperimentallyobservedtimecoursecurves.ENZOallowsrapidevaluationofrival reactionschemesandcanbeusedforroutinetestsinenzymekinetics.Itisfreelyavailableasawebtool,athttp://enzo. cmm.ki.si. Citation:BevcS,KoncJ,StojanJ,Hodosˇcˇek M,PencaM,etal.(2011)ENZO:AWebToolforDerivationandEvaluationofKineticModelsofEnzymeCatalyzed Reactions.PLoSONE6(7):e22265.doi:10.1371/journal.pone.0022265 Editor:MatthewBogyo,StanfordUniversity,UnitedStatesofAmerica ReceivedFebruary9,2011;AcceptedJune21,2011;PublishedJuly19,2011 Copyright:?2011Bevcetal.Thisisanopen-accessarticledistributedunderthetermsoftheCreativeCommonsAttributionLicense,whichpermitsunrestricted use,distribution,andreproductioninanymedium,providedtheoriginalauthorandsourcearecredited. Funding:FinancialsupportwasprovidedbygrantsP1-0002,P1-0170,J1-2281,J1-2282oftheMinistryofHigherEducation,Science,andTechnologyofSlovenia andtheSlovenianResearchAgency.Thefundershadnoroleinstudydesign,datacollectionandanalysis,decisiontopublish,orpreparationofthemanuscript. CompetingInterests:Theauthorshavedeclaredthatnocompetinginterestsexist. *E-mail:dusa@cmm.ki.si Introduction dE=dt~k0?E??S?z(k1zk2)?ES? dES=dt~k0?E??S?{(k1zk2)?ES? dS=dt~{k0?E??S?zk1?ES? dP=dt~k2?E