青海藏族群体8个STR位点遗传多态性研究.docVIP

　　青海藏族群体8个STR位点遗传多态性研究 作者：刘世明 王晓勤 余满堂 【摘要】 目的 研究 青海藏族人群第２１号染色体D21S1432、D21S1435、D21S1270、D21S1440、D21S1446、GATA24H09、ATA42C09、GATA129D11等8个STR位点的遗传多态性。 方法 运用PCR扩增、6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳结合银染技术对30位无关个体藏族人群进行多态性研究。结果 8个位点分别检测出6、5、7、5、6、6、7、7个等位基因片段,共有１７３个基因型，频率分布在0.0167～0.5536之间，多态性分布符合Hardy-orphism information content ,PIC)分别为0.6977、0.6985、0.7116、0.4582、0.6240、0.7340、0.7754、0.7382,累积多态信息量为0.7123。期望杂合度（Heterozygosity ,HET）分别为0.7426、0.7350、0.7494、0.5484、0.6722、0.7672、0.8039、0.7651，累积杂合度为0.7962。累积个体识别率（discrimination poorphism of STR（D21S1432，D21S1435，D21S1270，D21S1440，D21S1446，GATA24H09，ATA42C09，GATA129D1）located in number21 chromosome from Tibetan population in Qinghai. Methods To investigate the geic polymorphism of thirty samples from unrelated Tibetan individual and its frequencies ranging from0.0167 to 0.5536. The HET in D21S1432,D21S1435,D21S1270,D21S1440,D21S1446,GATA24H09,ATA42C09 and GATA129D11 repeat，STR)已 应用 于人类群体遗传学及法医学方面［１］，以核心序列重复单位数目的变化构成遗传多态性，大多数STR基因座的重复单元为2～6 bp片段，人类基因组中，平均每15～20 kb就存在一个STR基因座，在众多的STR基因座中，以四碱基重复的STR位点具有突变率较低、稳定性好、易于标准化的特点［2］,这一特点为人类群体遗传学研究提供了丰富的信息量遗传标记，然而关于D21S1432、D21S1435、D21S1270、D21S1440、D21S1446、GATA24H09、ATA42C09、GATA129D11的8个STR位点的群体遗传学研究,国内外 目前 未见报道。本研究运用PCR扩增,6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳结合银染技术对青海藏族人群进行了分子水平的生物学调查,旨为人类群体遗传学领域的 理论 与应用研究提供一定的依据。 1 材料与方法 1.1 材料 1.1.1 样本采集：在青海省都兰县（海拔3400m）随机选取世居藏族健康无关个体30名，其中男性19名、女性11名,年龄17～50岁，平均年龄25.9岁。采血：抽取静脉血3～5 ｍＬ, ＥＤＴA抗凝,ＥＰ管分装,冷藏保存。 1.1.2 主要仪器及试剂 ：PCR扩增仪（Biometra T1），DNA测序仪（ABI PRISM377）， DF-C电泳仪（北京东方仪器厂）；基因引物 Taq酶、蛋白酶K 、 dNTP、琼脂糖(均由上海申能博彩生物 科技 有限公司提供)。 1.2 方法 1.2.1 ＤＮＡ提取：采用盐析法提取外周血白细胞基因组DNA,用冰乙醇沉淀纯化,置于通风处凉干,加ＴＥ缓冲液50μＬ,冷冻备用。 1.2.2 扩增体积：在反应管内分别加入模板DNA0.5 μL，引物1 μL，10×buffer2.5 μL，dNTP1.0 μL，ddH2O 19.5 μL，ＴaqＤＮＡ聚合酶０.５ μL；使总反应体积达到２５ μL。 1.2.3 扩增步骤:将加好样品的反应管放入PCR仪器中，设定首次的预变性反应为9５℃ 5 min，第二次的变性反应为94℃ 1 min，第三次的退火反应为55 ℃ 30s，以上循环反应共３０次，最后延伸反应为72℃ 15 min，结束反应后取出，放入冰浴。 1.2.4 电泳反应：在电泳槽内配制好6%聚丙烯酰胺凝胶,使电泳胶的厚度为0.4 mm,然后加入1×ＴＢＥ的电泳缓冲液，在600 V电压下预电泳1 h,使胶体状态平衡，取出扩增产物加3 μL加样液，充分混合后,在95℃条件下变性2 min后立即放置于冰浴，然后分别进行点样。电泳条件