基于黎曼流形的蛋白质三维结构数据相似性比较.pdfVIP

VoL 39 No. 1 第 39 卷第 1 期 燕山大学学报 2015 年 1 月 Journal of Yanshan University Jan.2015 文章编号:1∞7-791X(2015)01-∞35-07 基于黎曼流形的蛋白质三维结构数据相似性比较 徐永红.，猪泽斐，洪文学 (燕山大学电气J:..程学院-河北秦皇岛侃创沁4) 摘 要:以 NMR 技术为代表的海量蛋白质空间结构数据为现代生命科学研究提供了前所未有的机遇，但后续 的大数据分析却成为一大难题。充分利用巳知的蛋白质三维结构信息来预测未知的蛋白质空间结构信息是研 究蛋白质结构和功能关系一种重要手段。本文提出一种基子黎曼流形的蛋白质三维结构相似性比较新方法。 该方法通过构建Cα 坐标系和提取蛋白质结构具有旋转和平移不变性的几何特征盘，将蛋白质的三维坐标序列 转换为一维序列，采用黎曼距离作为三维结构相似度指标。 本方法不需要对蛋白质结构做旋转和平移变换，避 免了主流的RMSD 方法中两蛋白质通过最小二乘拟合进行配准时产生的误差，并且完全不依赖于一级结构序 列信息，对不具备序列相似性的蛋白质之间的相似性比较具有现实意义。 本文分别针对不同相似度的蛋白质、 Fischer 提出的 10 个较难识别的蛋白质结构对、HOMSfRA 0 数据库中的7∞个数据这3 组数据，对本文算法进 行了验证。 实验结果表明，与其他方法相比，本文方法的匹配精度均得到了较大提升。 关键词:蛋白质;三次样条锚值;Cα 坐标系;黎曼流形;结构比较 中固分类号:R31 8 文献标识码:A DOI :10.3969/j.i臼n.1 ∞7-791 X.2015.01.006 目前针对蛋白质结构比较已经有很多的研究 。 引言 J 方法与软件工 具，如 Oali( 3 CE川、 VAST( SI 、 、 STRUCTAL川 、 SSM( 7) 、TM-align(8J 等，为蛋白质空间 生物大分子中的蛋白质和很多非编码 RNA 结构的研究提供了多种分析手段。 蛋白质结构比 的功能主要取决于它们的空间结构。到目前为 较方法主要分为 3 类:基于氨基酸间距离矩阵的 止，已经有超过六万个生物大分子的空间结构被 比较( Oali 、 CE) ;基于蛋白质空间几何结构的比较 测定，如何有效地比较它们之间的相似性成了生 (STRUCTAL、TM-align) ;基于蛋白质二级结构的 命科学中的一个重要课题I 飞 蛋白质三维结构的 匹配(VAST、SSM) 。 直接获取一直是一个瓶颈问题，尽管蛋白质序列 传统的蛋白质相似性比较方法通常依赖于蛋 的测定已基本完成，但大量序列已知的蛋白质的 白质的一级结构序列，但是两个一级结构序列不 三维结构尚未被实验方法测定出来，在这种情况