Transposable elements reveal a stem cell-specific class of long noncoding RNAs 英文参考文献.docVIP

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2017-05-16 发布于上海
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Transposable elements reveal a stem cell-specific class of long noncoding RNAs 英文参考文献.doc

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Transposable elements reveal a stem cell-specific class of long noncoding RNAs 英文参考文献

KelleyandRinnGenomeBiology2012,13:R107 /2012/13/11/R107 RESEARCH OpenAccess Transposableelementsrevealastemcell-specific classoflongnoncodingRNAs DavidKelley1,2,3 andJohnRinn1,2,3* Abstract Background:Numerousstudiesoverthepastdecadehaveelucidatedalargesetoflongintergenicnoncoding RNAs(lincRNAs)inthehumangenome.ResearchsincehasshownthatlincRNAsconstituteanimportantlayerof genomeregulationacrossawidespectrumofspecies.However,thefactorsgoverningtheirevolutionandorigins remainrelativelyunexplored.OnepossiblefactordrivinglincRNAevolutionandbiologicalfunctionistransposable element(TE)insertions.Here,wecomprehensivelycharacterizetheTEcontentoflincRNAsrelativetogenomic averagesandproteincodingtranscripts. Results:OuranalysisoftheTEcompositionof9,241humanlincRNAsrevealedthat,insharpcontrasttoprotein codinggenes,83%oflincRNAscontainaTE,andTEscomprise42%oflincRNAsequence.lincRNATEcomposition variessignificantlyfromgenomicaverages-L1andAluelementsaredepletedandbroadclassesofendogenous retrovirusesareenriched.TEsoccurinbiasedpositionsandorientationswithinlincRNAs,particularlyattheir transcriptionstartsites,suggestingaroleinlincRNAtranscriptionalregulation.Accordingly,weobservedadramatic exampleofHERVHtranscriptionalregulatorysignalscorrelatingstronglywithstemcell-specificexpressionof lincRNAs.Conversely,lincRNAsdevoidofTEsareexpressedatgreaterlevelsthanlincRNAswithTEsinalltissues andcelllines,particularlyinthetestis. Conclusions:TEspervadelincRNAs,dividingthemintoclasses,andmayhaveshapedlincRNAevolutionand functionbyconferringtissue-specificexpressionfromextanttranscriptionalregulatorysignals. Background codinggenes[1,2,19,20].ThoughextensivelncRNAcata- Recentcomprehensivetranscriptomesequencingstudies logshavebeendiscoveredindiverseorganisms,recently uncovered alargeclass ofpreviously unannotated long including zebrafish [3,4], Drosophila [5],andnematode noncodingRNA(lncRNA)genesinvariousspecieswith [21],distanthomologuestohumanlncRNAsarelessfre- similarsplicingand