Expressed sequence tags for genes a review.docVIP

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Expressed sequence tags for genes a review

Laboratoire de génétique cellulaire, (Received 16 September 1997; accepted 7 July 1998) of complementary DNA expression profiles of genes in any particular tissue, in different conditions or status, and thus the identification of regulated genes. In order to identify genes involved in classical techniques include subtraction or differential screening and new techniques, using polymerase chain reaction (PCR) amplification, are now available. For studies the organisation of the genome the main use of ESTs is the determination of somatic hybrid cell panel. This chromosomal localisation information is needed to identify genes or quantitative trait loci, according to the ’positional candidate’ approach. ESTs also contribute to comparative genetics and they can help to decipher gene function by comparison expressed sequence tags / functional genomics / gene mapping / comparative genetics revue. Les ? étiquettes ? correspon- dent aux séquences des extrémités des ADN complémentaires, obtenues de manière systématique à partir d’une seule réaction de séquen?age. Cependant, à partir d’un * seul gène plusieurs étiquettes différentes peuvent être obtenues : celles qui dent aux deux extrémités de l’ADN complémentaire, aux ADN complémentaires de tailles différentes synthétisés à partir d’un même ARN messager, et aux différents messagers issus d’une même séquence d’ADN génomique. L’identification des gènes correspondants est faite par comparaison avec les séquences nucléiques ou protéiques contenues dans les bases de données publiques (GenBank en utilisant des logiciels d’alignement automatique tels queFASTA ou BLAST. sProt), Les séquences annotées des étiquettes sont stockées dans une base de données partic- ulière, dbEST, et soumises régulièrement à des tests de comparaison avec les bases de données citées. En raison de la présence d’une longue région non codante à l’extrémité 3’ des ARN messagers, les étiquettes de l’extrémité 3’ sont souvent non

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