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核苷酸序列分析;;重复序列分析 开放读码框（open reading frame, ORF)的识别 基因结构分析 内含子/外显子剪切位点识别 选择性剪切分析 CpG 岛的识别 核心启动子/转录因子结合位点/转录启始位点的识别 转录终止信号的预测 GC含量/密码子偏好性分析 ;重复序列分析;重复序列分析;;开放读码框的识别;开放读码框的识别;;开放读码框的识别;应用ORF Finder预测水稻瘤矮病毒（RGDV）S8片断的ORF;;;;;结果验证;;;GetOrf http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/getorf.html;GENSCAN /GENSCAN.html;启动子及转录因子结合位点分析;启动子及转录因子结合位点分析;PromoterScan:80/molbio/proscan;内含子/外显子剪切位点识别;内含子/外显子剪切位点识别;;NetGene2http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGene2/;ATGGGAAACTGGGTGGTTAACCACTGGTTTTCAGTTTTGTTTCTGGTTGTTTGGTTAGGGCTGAATGTTT TCCTGTTTGTGGATGCCTTCCTGAAATATGAGAAGGCCGACAAATACTACTACACAAGAAAAATCCTTGG GTCAACATTGGCCTGTGCCCGAGCGTCTGCTCTCTGCTTGAATTTTAACAGCACGCTGATCCTGCTTCCT GTGTGTCGCAATCTGCTGTCCTTCCTGAGGGGCACCTGCTCATTTTGCAGCCGCACACTGAGAAAGCAAT TGGATCACAACCTCACCTTCCACAAGCTGGTGGCCTATATGATCTGCCTACATACAGCTATTCACATCAT TGCACACCTGTTTAACTTTGACTGCTATAGCAGAAGCCGACAGGCCACAGATGGCTCCCTTGCCTCCATT CTCTCCAGCCTATCTCATGATGAGAAAAAGGGGGGTTCTTGGCTAAATCCCATCCAGTCCCGAAACACGA CAGTGGAGTATGTGACATTCACCAGCATTGCTGGTCTCACTGGAGTGATCATGACAATAGCCTTGATTCT CATGGTAACTTCAGCTACTGAGTTCATCCGGAGGAGTTATTTTGAAGTCTTCTGGTATACTCACCACCTT TTTATCTTCTATATCCTTGGCTTAGGGATTCACGGCATTGGTGGAATTGTCCGGGGTCAAACAGAGGAGA GCATGAATGAGAGTCATCCTCGCAAGTGTGCAGAGTCTTTTGAGATGTGGGATGATCGTGACTCCCACTG TAGGCGCCCTAAGTTTGAAGGGCATCCCCCTGAGTCTTGGAAGTGGATCCTTGCACCGGTCATTCTTTAT ATCTGTGAAAGGATCCTCCGGTTTTACCGCTCCCAGCAGAAGGTTGTGATTACCAAGGTTGTTATGCACC CATCCAAAGTTTTGGAAT;;;Spidey/IEB/Research/Ostell/Spidey/;;选择性剪切（Alternative splicing）分析;选择性剪切（Alternative splicing）分析;查询选择性剪切相关的网站;分析EST序列的选择性剪切;分析EST序列的选择性剪切;分析EST序列的选择性剪切;;分析EST序列的选择性剪切;基于序列比对分析选择性剪切;基因周围调控序列分析— CpG岛;http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/;;基因周围调控序列分析—转录终止信号的预测;Polyadq/tools/polyadq/polyadq_form.html;;密码子使用偏性分析—遗传密码子表;密码子使用偏性分析;密码子使用偏性分析—意义;密码子使用偏性分析—密码子使用指标（Codon usage indices）;密码子使用偏性分析—密码子使用指标（Codon usage indices）;密码子适应性指标CAI (codon adaption index);最优密码子使用频率FOP (frequency of optimal codons);密码子偏性指标CBI (codon bias index);有效密码子数ENC (effective number of codons); 单子叶植物玉米、高粱、大麦、小麦、水稻的ENC值均小于40